Maale tagasiteel olev kosmoselaev saab hädaabisignaali võõralt planeedilt. Asja uurima minnes ei leita eest ühtegi jälge inimtegevusest. Planeedilt leitakse ainult suures koguses kahtlase päritoluga suuremõõtmelisi munasi. Nad toovad ühe muna pardale ning avavad selle - esmapilgul surnuna tunduv muna sisu aga ärkab ning hüppab ühele meeskonnaliikmele otse näkku, tappes tolle. Olendit vigastades sööbib tema sisikond läbi mitme kosmoselaeva teki. Põgenema pääsenud külaline aga hakkab tohutul kiirusel arenema ning meeskonnal puuduvad vähimadki vahendid tema peatamiseks ning enesekaitseks.
Mesinädalatelt naasnud Shrek ja Fiona saavad Fiona vanematelt, Kauge Kauge Kuningalt ja Kuningannalt, küllakutse tähistamaks tütre abielu. Kohalejõudes näevad aga Fiona vanemad, et nende väimees pole kaugeltki see, keda nad oleks oodanud…
Pärast seda, kui juhmivõitu Sid kaob allpool jääd ja lund asuvasse salapärasesse maailma, asuvad sõbrad teda päästma. Seda tehes puutuvad nad kokku nii lendavate kui sammuvate dinosaurustega, võitlevad elusloodusega ja leiavad endale uue kartmatu abilise, kelle elu sisuks on kassi-hiire-mäng suurte kiskjatega.
Fionaga abielludes polnud Shrekil aimugi, et seetõttu peab ta ühel päeval võibolla kuningaks hakkama. Kui Shreki äiapapa, kuningas Harold korraga lahkub, ootab teda just see au. Välja arvatud juhul, kui Shrek (koos oma ustavate kaaslaste Eesli ja Saabastega Kassiga) leiaks enda asemele sobiva kuninga. Kõige lubavam kandidaat oleks Fiona nõbu Artie, keskkoolis õppiv ebakuninglik hädavares, kellest väärilise troonipärija kasvatamine näib olevat üks raskemaid ülesandeid, millega Shrek ja sõbrad eales silmitsi seisnud on.