1996: Birth Island, residenza del re dei mostri, viene distrutta misteriosamente. Contemporaneamente il mostro Godzilla, con la pelle ricoperta di ferite ardenti, attacca la città di Hong Kong. Lo studente Kenichi Yamane, nipote adottivo del professor Yamane, ritiene che Godzilla non sia più in grado di contenere le reazioni nucleari all'interno del suo corpo: se la potenza di Godzilla eruttasse completamente fuori, l'esplosione conseguente distruggerebbe l'intero Giappone, in altre parole, Godzilla si è trasformato in una bomba atomica ambulante. Per impedire ciò, la G-Force inizia a studiare gli effetti del Micro Oxigen, simili a quelli dell'Oxigen Destroyer, la bomba che neutralizzò Godzilla nel 1954. Intanto nelle fogne di Tokyo e in un acquario cominciano a svilupparsi strane creature simili a crostacei, in grado di emettere Micro Oxigen. Si ritiene che gli animali siano stati creati dal Distruttore d'Ossigeno più di quarant'anni prima.

Fratello e sorella vanno in visita dagli anziani genitori nella casa nella quale hanno vissuto per decenni, per commemorare la tragica morte del fratello più vecchio avvenuta in un incidente quindici anni prima. A dispetto della comodità della grande casa che ospita tutti, i cambiamenti intervenuti nella vita dei familiari riuniti ridefiniscono le relazioni facendo emergere un caleidoscopio di sentimenti che vanno dall'amore al risentimento.

Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.

Durante una lezione, Nobita afferma di credere alla tradizionale leggenda giapponese secondo cui sulla Luna esistono veramente dei conigli, ma viene da tutti deriso; Doraemon decide allora di usare delle speciali spille per creare realmente un regno di conigli sul pianeta. Nel frattempo, nella classe di Nobita giunge un nuovo ragazzo, che sembra avere dei collegamenti con la Luna e con una giovane che vive su questo pianeta…

Dopo la scomparsa del piccolo Toshio Saeki, il suo insegnante si reca a casa dei genitori per cercare il bambino. Qui, trova un'atmosfera da incubo: il capofamiglia ha infatti ucciso moglie e figlio, dando inizio ad una maledizione che in breve contagerà l'insegnante per propagarsi poi all'esterno.

Un organismo alieno giunge sulla Terra portato da un meteorite. Questo organismo si alimenta con le sostanze degli scarichi industriali, e visto che il Giappone è ricco di industrie, rapidamente l'alieno, chiamato Hedorah, cresce e diventa una sorta di gigantesca ameba tossica che comincia a far strage di esseri umani mediante getti di acido capaci di corrodere una persona fino all'osso. Tra i primi ad accorgersi del pericolo c'è il dottor Yano, rimasto sfigurato da un incontro con la creatura durante un'immersione. Mentre Hedora acquista anche la capacità di volare (durante il volo rilascia gas tossici), gli umani invocano l'intervento di Godzilla. Ma neppure lui sembra essere in grado di battere Hedora...

In attesa di soccorsi su un'isola deserta, due uomini assistono al combattimento tra Godzilla e un altro mostro preistorico. I due uomini fanno giusto in tempo a fotografare le due creature prima che precipitino in mare. Le foto vengono consegnate al professor Yamane, che riconosce nell'avversario di Godzilla un Anchilosauro probabilmente mutato anch'esso dalle radiazioni, che viene battezzato Angilas. I due mostri riemergono ad Osaka, trasformandola in un campo di battaglia sotto i colpi dell'esercito...

Akira ammira Genyo Kamiura, il più potente uomo della yakuza sopravvissuto numerose volte a vari attentati. A causa di tale ammirazione, decide di entrare nel mondo della mafia giapponese ma ben presto rimane deluso da una realtà diversa da quella vista nei film e dalla mancanza di valori come fedeltà e carità. La situazione però si complica quando Genyo entra nel mirino di un gruppo di assassini, che conoscono la sua vera natura di vampiro.

C'è un'oscurità nel corpo di Fukie che cresce e si diffonde a tutti coloro che toccano la sua vita.