En kjærlig familiemann, Wade Porter mister plutselig alt når han ved et uhell dreper innbruddstyven som brøt seg inn i hjemmet hans. Wade blir dømt for overlagt drap, og må tilbringe de tre neste årene i et ekstremt tøft fengsel hvor samfunnets regler ikke gjelder lenger. Når han blir tvunget til å dele celle med en notorisk massemorder og utsettes for brutal mishandling iscenesatt av den sadistiske sjefsvakten, forstår Wade fort at han må kjempe en kamp for livet. Han må bli den tøffeste fangen av dem alle hvis han skal overleve. Det som ikke tar livet av deg gjør deg sterkere, og i dette fengslet er det bare de sterkeste som overlever.

Mens SG-1 ser på at Ba'al skal bli henrettet, den eneste gjenlevende av Goa'ulds systemherrer, forsvinner plutselig Vala og Teal'c i løse luften. Carter, Daniel og Mitchell drar tilbake til en forandret verden der Stargate-programmet ikke eksisterer. Mens de prøver å overbevise myndighetene om hva som har skjedd kommer hundrevis av Goa'uld morskip i bane rundt jorden. De ledes av Ba'al, hans dronning Qetesh (Vala), og hans første prime Teal'c. De gjenværende medlemmene av SG-1 må finne Stargaten og gjøre ting riktig igjen før Goa'uldene tar over.

Denne spennende spillefilmen tar opp tråden der tv-serien "Stargate SG-1" sluttet. Portallaget, som består av Daniel Jackson (Michael Shanks), Vala (Claudia Black), Teal'c (Christopher Judge), Sam (Amanda Tapping) og Cam (Ben Browder) kastes ut i sitt til nå mest fantastiske eventyr. I jakten på et av De gamles apparater som de håper kan overvinne de undertrykkende oriene, oppdager laget at oriene har planlagt et fullt angrep på Jorden, og at en dobbeltagent er om bord på Odyssey!