Ilma illusioonideta noormees võitleb oma unetuse vastu, mis võib-olla on tagajärg tema igavusest halli ja rutiinse eluga. Lennureisil kohtub ta karismaatilise seebimüüjaga Tyler Durdeniga, kellel on väga eriline filosoofia: perfektsionism on nõrkade inimeste töö; selle asemel on enese hävitamine ainus asi, mis teeb elu tõesti elamist väärt. Mõlemad otsustavad moodustada salavõitlusklubi, kus saavad vabaneda oma pettumusest ja vihast, mis saab olema suur edu.
On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.