Peter, Raymond og Egon pakker sammen protonene nok en gang i denne filmen - for å skremme vekk Manhattens onde ånd. Etter at de tre har lykkes med sin bekjempelse av byens slimete uhyrer, er de blitt arbeidsløse. Men - en gammel tyrann vender tilbake til jorden gjennom portrettet sitt på bymuseet. Han vil gjøre New York til verdens skumleste sted å leve. Det finnes bare et sted å søke hjelp: Ghostbusters...

Ta en grundigere titt på disse travle skapningene gjennom øynene til en enkelt av dem - Barry B. Benson. Etter college-eksamen ønsker Barry å få mer ut av livet enn den uunngåelige karrieren som venter ham og alle de andre arbeiderne i New Hive City - en jobb hos Honex i honningproduksjonen. Barry tar sjansen på å våge seg ut av bikuben og trår snart inn i en verden hinsides sine villeste drømmer. Da Barry tilfeldigvis møter en livsglad blomsterhandler fra Manhattan som heter Vanessa (Oscar-vinner Renée Zellweger), bryter han en av bienes grunnleggende samfunnsregler - han snakker til henne. Snart utvikler det seg et vennskap, og Barry får et krasjkurs i menneskenes liv. Når han oppdager at hvem som helst kan kjøpe honning rett fra hyllene i butikken, blir han sjokkert over at folk stjeler bienes eget produkt for å tjene penger på det og bestemmer seg for å saksøke hele menneskeheten.