توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
یک عروس بعد از کمای طولانی، بیدار میشود. اثری از بچه‌ای که قبلا در شکم داشته نیست. تنها چیزی که در ذهن دارد، انتقام گرفتن از تیم قاتلینی است که به او خیانت کردند، تیمی که خودش هم زمانی عضو آن بود.
چین، قرن سوم قبل از میلاد. یک «مرد» (لی)، پس از کشتن سه تن از دشمنان امپراتور - «آسمان» (ین)، «شمشیر شکسته» (چیو- وای) و «برف پرنده» (مان- یوک) - به حضور امپراتور چین (مینگ) شرف یاب میشود. اما امپراتور گزارش «مرد» را باور نمی‌کند و می‌گوید هدف اصلی او کشتن امپراتور است...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
یک مامور سابق فدرال زمانی که خانه اش در لندن مورد هجوم عده ای قرار میگیرد، برنامه محافظت از شاهد را ترک کرده و خود را نشان می دهد. پس از بررسی شواهد، او متوجه می شود خطرناک ترین قاتل اروپا به دنبالش است...