在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即的某一天，上条当麻和茵蒂克丝与一位无能力者（Lv0）少女鸣护艾丽莎相遇了。 茵蒂克丝与艾丽莎两人因为“旺盛的食欲”这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是艾丽莎。为何身为科学世界的艾丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市一侧的莎特奥拉率领着秩序维护部队开始了行动。 上条与茵蒂克丝还有艾丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道：“那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。” 在科学与魔术魔法交汇之时，以“恩底弥翁”为舞台的故事开始了！

Accel Booster 于外传《假面骑士W RETURNS 假面骑士Accel》登场,Accel的黄色形态。剧中,照井龙左小腿因Commander Dopant的攻击而受重伤的Accel得到葛木葵抛来的强化.

在平行世界设立了一所为了培训未来会协助光之美少女的妖精而设立的妖精学校。某天，学校寄邀请函请光之美少女们参加派对，但妒忌光之美少女的学生古莱鲁此时却与被他从“影水晶”中释放出的心之暗影一起行动，并连续袭击校内的妖精和光之美少女们。