经过艰苦的激战，汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋，随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面，宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），对他的力量进行升级，以期消灭普神，创造混沌纪元。拥有光速的威震天，气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时，大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作，一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时，两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落，拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动，为祸四方。 赛博坦黎明的前夕，和平远远未曾到来，最可怕的远古军团即将复活……

第二次世界大战开始时的英格兰。神秘的无线广播，显然来自纳粹德国，通过英国广播公司听到。他们警告说，就在恐怖行为发生之前，英国发生了恐怖行为。国防委员会感到困惑，请来了福尔摩斯。

阴森的富沼市，许多人的命运被无形的力量所改变。一家四口搬到这座城市，但是他们的新居中充满诡异阴冷的气氛。直到某个停电的夜晚，恐怖血腥事件向这家人席卷而来。作为唯一的幸存者，当年目睹惨剧的阳子（石桥杏奈 饰）选择留在富沼市生活。自那个时间起，阳子拥有了看到另一个世界众生的本领。某天，外地青年诚二（须贺健太 饰）来到富沼市上大学，他与阳子相识相恋，可是阳子却看到他即将死亡。另一方面，青年犬井（浅香航大 饰）在打工的地点认识了阳子，他不顾阳子劝告，招待了一个诡异而恐怖的客人，从此便被邪灵缠身。无法逃离的悲剧命运，缠住了所有人……

被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星本巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。 经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器「卫人」的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。 令谷风长道首次抱有异性意识的女性是——星白闲。 谷风长道首次的友人是无性别的科戸濑伊佐奈。 令谷风长道意识到挫折的少年是——岐神海苔夫。 在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？

　　立志当人类历史上第一位宇航员的丹•米尔顿•普雷斯科特（比尔•艾德华斯 Bill Edwards 饰）驾驶代号Y-12的宇宙飞船前往太空，在进入外太空的一刹那，他因为过于兴奋而忽略了总部的命令，最终导致飞船失控。飞船坠入大气层，与总部失去联系。不久，国防部的人找到飞船残骸，而惹出祸端的丹却在女友处潇洒快活。 　　丹的特立独行给国防部高层留下极深的印象，他们顶住各方压力，仍然决定派遣丹驾驶Y-13再次前往太空。当达到600’000尺的高度时，丹的老毛病再次复发。他不顾总部的命令，直线冲入外太空。结果飞船失控，受到宇宙粉尘袭击，最终爆炸。国防部找到飞船遗骸，却未见到丹的身影。随后不久，一个恐怖嗜血的生物开始在城市中出没……

核弹班又回来了，这次他们上大学了！特罗马维尔的核工厂已经重建，现在包括特罗马维尔技术研究所，霍尔特完善了亚类人形等等。