כאשר סגן ראש הממשלה הסיני נהרג בנסיבות חשודות, החוקרים שוקלים את האפשרות שהמתנקש האגדי ג'ייסון בורן עדיין בחיים. אבל ממשלת ארה"ב יודעת את האמת: אין אדם בשם ג'ייסו בורן. זה היה שמו הבדוי של הסוכן האמריקני הסודי דיוויד ווב שפרש זה מכבר לגמלאות. מישהו לקח את זהותו של בורן והשתמש בה בביצוע מעשה ההתנקשות. ווב, שכבר שמח שהוא לא מעורב בכל הפרשה, מוצא את עצמו בכל זאת בתוך משחק מרגל נגד מרגל כאשר האישה שהוא אוהב נחטפת מחייו. כעת, ווב לובש שוב את זהותו של ג'ייסון בורן ומנצל את כישוריו הקטלניים לשחרור הנערה, חיסול המתנקש המסתורי, וכל זאת תוך כדי נסיון להתחמק מחשיפה בעולם הריגול הבינלאומי.

עבר זמן מאז שנורמן ספנסר (הריסון פורד) בגד באישתו, קלייר (מישל פייפר). אבל עם רצונה של קלייר להתכחש לפרשה שהסתיימה כבר ונשכחה, נראים חיי הזוג ספנסר שלווים שקטים ומאושרים. כל כך מאושרים עד שכאשר קלייר אומרת לבעלה כי היא שומעת קולות מסתוריים ורואה רוח של אישה בביתם, ספנסר מבטל את אשתו המבוהלת, ומשכנע אותה שהכל רק בדמיונה. אך ככל שקלייר מתקרבת לגילוי האמת, מתברר שאי אפשר להתעלם מהמראות והאירועים העוברים עליה. יש משהו המאיים על נורמן ספנסר ועל אשתו.