Quando il Maestro, storico nemico del Dottore, viene condannato a morte per i suoi crimini dai Dalek, esprime un ultimo desiderio: che i suoi resti mortali vengano portati sul suo pianeta natale, Gallifrey, proprio dal Dottore, al momento alla sua settima incarnazione. Una parte cosciente del maestro riesce però a fuggire e ad incarnarsi in un umano, Bruce, mentre il Dottore, finito con il TARDIS nella San Francisco del 1999, si rigenera nella sua ottava incarnazione e, con l'aiuto della cardiologa Grace Holloway, cercherà di fermare i piani di distruzione del suo vecchio nemico.

Zak è un adolescente come tanti e la sua vita ruota attorno a due priorità: riuscire a trovare i soldi per comprarsi una macchina e conquistare la bella Francesca, sua compagna di scuola. La sua vita cambia quando, insieme a Francesca, scopre tra gli oggetti del padre (un inventore) un orologio in grado di fermare il tempo. Dopo l'iniziale divertimento, Zak scoprirà di non essere il solo a volere l'orologio e si troverà a scappare dal cattivo di turno, che vuole impossessarsi dell'oggetto per dominare il mondo.

I più grandi geni al mondo vengono incaricati di creare una macchina per il trasporto della materia. Durante la progettazione, creano accidentalmente il viaggio nel tempo. Inoltre, scoprono che un gruppo estremista ha intenzione di utilizzarlo per viaggiare indietro nel tempo e uccidere Gesù.