Минали са години. Светът е различен, освободен от кайджута. Йегер-технологията продължава да се развива, въпреки че вече няма непосредствена заплаха от извънземните чудовища Кайджу.

За защита срещу катастрофални изменения на климата, властващите правителства на планетата дават зелена светлина на проект „Dutch Boy Program“ – мрежа от сателити, обкръжаващи Земята, които предотвратяват природни бедствия. Заради внезапни пагубни природни явления става ясно, че нещо в системата е неизправно и двама отчуждени братя ще трябва да реагират преди Магнитната буря да погуби земята.