Seguendo un tatuaggio sulla spalla di una ragazza, l'hacker Neo scopre che la cosiddetta "realtà" è solo un impulso elettrico fornito al cervello degli umani da un'intelligenza artificiale. Per sopravvivere alla catastrofe l'umanità ha infatti avuto bisogno delle macchine, ma queste hanno vinto e necessitano degli uomini come fonte di energia. L'illusione in cui li fanno vivere è quindi finalizzata a "coltivarli" meglio. Nessuno è a conoscenza del tempo che è passato da quando il neurosimulatore ha assegnato una data fittizia al tempo. Solo Neo, con l'aiuto del pirata informatico Morpheus e della bella Trinity, può tentare di scoprire la verità, ma non sarà un'impresa facile.

Fred Madison è un musicista sposato ad una splendida dark lady; il sospetto che la moglie lo tradisca lo induce a perdere la fiducia in se stesso e in lei, fino a trascinarlo in una spirale di follia e violenza inaudite...

Ora Neo controlla perfettamente i suoi straordinari poteri e Zion è assediata dall'Esercito delle Macchine. Solo poche ore separano l'ultima enclave umana sulla Terra da 250.000 Sentinelle programmate per distruggere il genere umano. Ma i cittadini di Zion, incoraggiati dalla convinzione di Morpheus che L'Eletto adempierà la Profezia dell'Oracolo e metterà fine alla guerra con le Macchine, puntano tutte le loro speranze su Neo, che si ritrova bloccato da visioni sconvolgenti. Resi più forti dall'amore e dalla fiducia che li lega, Neo e Trinity scelgono di tornare in Matrix con Morpheus e di lottare contro le forze della repressione e dello sfruttamento. Ma esistono ancora figure potenti dentro Matrix che si oppongono all'artificio della scelta, e si sottraggono alla responsabilità che comporta, poiché si cibano delle verità emotive degli altri.

Neo è in coma nell'infermeria della Hammer, ma la sua mente si trova intrappolata in una sorta di limbo situato tra il mondo reale e matrix. Il creatore del limbo virtuale è un nuovo personaggio, enigmatico e misterioso quanto la figura del fabbricante di chiavi, ma con un dentista decisamente peggiore. Toccherà ai compagni di Neo l'arduo compito di liberarlo, tornando nel castello del Merovingio, che muove i fili del gioco. Riuscirà Zion a resistere all'inesorabile avanzata delle macchine? Potrà l'eletto sconfiggere il suo nemico giurato, l'agente Smith?

Irene Trent è una donna infelice, sposata con il possessivo inventore milionario Howard Trent. Howard ha arredato la loro casa con molti orologi a cucù tutti perfettamente sincronizzati e Howard registra tutto ciò che avviene all'interno della magione, con l'intento di venire a conoscenza di tutte le conversazioni private della moglie. Irene vive in uno stato di perenne tensione a causa della gelosia ossessiva del marito e nonostante le accuse di infedeltà da lui rivoltale, ella rimane sempre fedele al marito ma inizia ad avere sempre più insistenti fantasie oniriche su Barry Moreland, avvocato del marito. In seguito dopo la morte del marito può coronare il suo sogno di libertà ereditandone il patrimonio. Tuttavia Irene comincia ad essere ossessionata da un misterioso uomo nei suoi sogni, iniziando a dubitare della propria sanità mentale.

Sonia viene da Lubiana e fa la cameriera in un hotel. Guido è un ex poliziotto e lavora come custode in una villa fuori città. Si incontrano per caso in uno speed date. Lui è un cliente fisso. Per lei è la prima volta, e si vede. Poche parole, un'istintiva attrazione. In pochi giorni imparano a conoscersi, ad aprirsi, a svelare le proprie ferite. Sono sul punto di innamorarsi, quando Guido muore. Improvvisamente, durante una rapina nella villa che dovrebbe custodire. Sonia si ritrova da sola a elaborare un lutto di cui non riesce a trovare il senso. E di cui alcuni addirittura la ritengono responsabile. Mentre il passato di Sonia ritorna, con tutti i suoi nodi non risolti, la realtà che la circonda comincia a collassare, fino a crollarle addosso.

Sogni oscuri e visioni ad occhi aperti di un bambina scomparsa, un frutteto di alberi di mele e una cittadina sommersa molti anni prima cominciano a lacerare la tranquilla esistenza di Claire Cooper, che vive nel New England con il marito Paul, pilota d'aereo. Man mano che le visioni si fanno più frequenti e complete, il dialogo tra i due coniugi diventa difficile e Claire ritiene necessario convincere la polizia a dare ascolto alle sue premonizioni di una tragedia incombente. Ma la polizia, al pari di Paul, e anche il dott. Silvermann, psicanalista della donna, non riescono ad interpretare le grida che le future vittime dell'assassino lanciano nei sogni della donna.