Il film comincia dove terminava il primo capitolo, ovvero con Marty e Jennifer che partono insieme allo scienziato Doc, inventore della macchina del tempo, per il 2015 allo scopo di evitare che il futuro dei loro figli possa essere in pericolo. Ma la situazione precipita e ad essere in pericolo non è più il futuro, ma il passato. Marty dovrà tornare nuovamente nel 1955 e...
Per questa terza, conclusiva, puntata della trilogia, Marty McFly è costretto a tornare indietro nel tempo fino al 1885 per salvare Doc, che vi era stato catapultato al termine del secondo capitolo. Questa volta tornare nel futuro sarà ancora più difficile.
Nonostante l'ordine di non intervenire nello scontro tra la flotta stellare ed i "Borg", l'Enterprise si rivolge verso la Terra e riesce a distruggere la nave aliena. Non c'è neppure il tempo di festeggiare che una navicella di salvataggio Borg, espulsa dal veicolo madre, fugge ed intraprende un viaggio a ritroso nel tempo verso la Terra del post conflitto atomico per "assorbirne" tutti gli abitanti ed impedire il primo contatto con una razza aliena, quello che le avrebbe consentito il decisivo passo evoluzionistico verso la Federazione unita dei pianeti. L'Enterprise la segue, ma mentre cerca di assicurare che la storia abbia il giusto corso, viene invasa dagli stessi cibernetici extraterrestri che di nascosto salgono a bordo ed iniziano ad assorbire i membri dell'equipaggio.
Inghilterra, oggi. Durante un blitz un gruppo di animalisti irrompe in un laboratorio dove alcuni scimpanzè vengono sottoposti alla visione forzata di immagini violente. Il ricercatore che studia le cavie avverte gli attivisti che gli animali sono affetti da un virus sconosciuto e pericoloso. Malgrado ciò, i membri del commando decidono di liberare gli animali, da cui vengono immediatamente attaccati. 28 giorni dopo, Jim si risveglia in una Londra deserta e spettrale. La città sembra deserta e Jim vaga alla ricerca di esseri umani. E' solo l'inizio di un'avventura dai risvolti terrificanti, dove l'uomo civilizzato si conferma come la belva peggiore.
L'ammiraglio Kirk e il suo equipaggio decidono di tornare sulla Terra con lo Sparviero (ribattezzato HMS Bounty) catturato ai Klingon nel precedente episodio (Star Trek III: Alla ricerca di Spock), tutti rassegnati a subire la corte marziale per avere sottratto e distrutto la nave stellare USS Enterprise. Avvicinandosi al pianeta ricevono però un messaggio che avvisa che la Terra è sotto l'attacco da parte di una misteriosa e invulnerabile sonda spaziale aliena, che cerca di mettersi in comunicazione con le balene megattere, la cui specie però è estinta da tempo.
In un futuro non molto lontano, Taranto è una città fantasma cinta dal filo spinato in cui nessuno, nemmeno la Polizia, si azzarda a entrare. Sono rimasti i più poveri che lottano per la sopravvivenza, mentre una gang criminale, le Formiche, capeggiate dal carismatico Testacalda (Alessandro Borghi), si contende il territorio con un’altra gang. Due orfani tredicenni, cresciuti insieme, sognano di entrare in quella banda. Pietro, detto Mondocane per aver superato la prova d’accettazione nella gang, impone Christian al gruppo che lo deride chiamandolo Pisciasotto. Ma qualcosa si incrina nel loro equilibrio mettendo a rischio tutto quello in cui credono.
Il ribelle Jake Pentecost, un tempo promettente pilota Jaeger il cui leggendario padre diede la vita per assicurare la vittoria dell'uomo sui mostruosi "Kaiju", decide di abbandonare il suo addestramento, per ritrovarsi coinvolto nel mondo della criminalità. Quando però una minaccia ancora più inarrestabile rischia di abbattersi sulle nostre città e di mettere in ginocchio l'umanità, la sorella Mako Mori, adesso a capo di una nuova e coraggiosa generazione di piloti cresciuti all'ombra della guerra, dà a Jake un'ultima possibilità per dimostrarsi all'altezza dell'eredità lasciata dal padre. Mentre cercano giustizia per i caduti, la loro unica speranza è unire le forze in una rivolta globale contro l’estinzione. Jake verrà affiancato da Lambert, un talentuoso pilota rivale, e dalla quindicenne Amara, un'hacker di Jaeger. Ribellandosi per diventare la più potente linea di difesa mai esistita, faranno rotta verso una nuova, spettacolare avventura di gigantesca portata.
Un gruppo di giovani dipendenti di un centro commerciale decide di trascorrere la notte all'interno per fare festa in uno dei negozi. Ma le porte si bloccano automaticamente e le guardie robot iniziano a scatenare una follia omicida.
Sette superstiti di una guerra nucleare arrivano a una casa-rifugio in montagna dove uno scienziato si è rinchiuso con la figlia e un'ingente scorta di viveri. Una scimmia mutante, colpita da radiazioni atomiche, semina paura e morte e rapisce la ragazza.
In un'epoca futura non meglio determinata, una ondata di sparizioni inesplicabili mette in allarme le autorità. Mike Halstead, uno degli ufficiali più attivi nel condurre le indagini, scopre che le persone scomparse hanno avuto a che fare con uomini e donne dotati d'una forza incredibile e dei quali s'ignora la provenienza. Mike ha una sua ipotesi che alcune prove avvalorano: nella faccenda - a suo giudizio - è coinvolto Nurmi, scienziato di chiara fama preposto ad un centro sperimentale extraterrestre. Ma la sua denuncia non è presa in considerazione, anzi, gli attira contro le sanzioni disciplinari dei superiori. Sfuggito alla detenzione e più che mai convinto della fondatezza dei suoi sospetti, Mike penetra con un gruppo di seguaci nella base segreta dove Nurmi, effettivamente, si rivela il responsabile dei sequestri di persone...