나가사키에 있는 독일의료원에서 의학공부를 마치고 에도로 돌아온 야스모토는 시골 병원에서 인턴 과정을 밟게 된다. 귀족들을 상대하는 왕립의료원에서 일하기를 원했던 그는 하층민들이 주로 오는 공동 진료소로 오게 되자 불만을 품게 된다. 하지만 자만심으로 가득 차 있던 야스모토는 ‘붉은 수염’이라 불리는 시골 병원장의 진정한 모습에 점차 동화되어 가면서 진정한 의술을 배우게 된다.

떠돌이 무사가 어느 마을의 여인숙에 들린다. 그곳은 두 패로 나뉜 악인의 무리가 세력다툼을 벌여 유령 마을처럼 되어버린 야도바 마을. 무사는 악인의 무리 중에서 돈을 많이 주는 쪽인 비단을 파는 사람들의 요짐보가 되어 일을 해준다. 하지만 술을 파는 무리 중 한 명의 아들인 우노스케가 권총을 갖고 마을로 들어오며 상황은 급변한다. 우노스케는 자신이 속한 파와 적대적인 관계에 있는 무리들을 무차별적으로 죽인다. 운 좋게도 요짐보는 마을 여관주인의 도움으로 마을 밖으로 도망쳐 근처에 있는 절 가까이 숨어 있는다. 하지만 얼마 후 여관주인이 우노스케에 의해 납치당했다는 사실을 알고 다시 마을로 들어오는데...

전쟁에서 이기고 성으로 돌아가던 와시즈는 산속에서 길을 잃고 헤매다가 마녀를 만난다. 마녀로부터 새 영주가 될 것이라는 예언을 들은 와시즈는 갈등에 휩싸이다 결국 영주를 죽이고 권력을 차지하는데...

늦은 밤, 몇몇 젊은이들이 외딴 집에 모여 그들의 성에서 일어나고 있는 부패를 소탕하기로 결의한다. 하지만 곧 그들은 또 한 명의 낯선 사람이 자신들의 얘기를 엿듣고 있다는 것을 알아챈다. 그는 산주로라는 이름의 떠돌이 사무라이로, 그 젊은이들이 잘못된 판단을 하고 있다며 비웃는다. 하지만 결국 그는 이 슬기롭지는 않지만 정의로운 젊은이들과 뜻을 같이하기로 하는데...

무장 강도가 신주쿠 슈퍼마켓에서 여직원과 여고생 3명을 살해하고 달아난다. 신입 경찰 이데즈키 고로가 10년 간의 추적 끝에 3명의 강도를 처단하고 자수한다. 경시청 아나이 반장이 체포된 이데즈키에게 관동 최대 야쿠자 '토쇼카이'에 잠입하라고 제안한다. 이데즈키는 카네타카라는 가명으로 헬 독스의 무로오카를 통해 토쇼카이에 침투한다. 카네타카는 뛰어난 격투 실력으로 조직에 반기를 든 파문자들을 제거하며 회장과 코즈 3인방으로 불리는 두목 토키, 회장 비서 쿠마자와 그리고 이사장 오마에다의 눈에 든다. 카네타카는 유혹하는 토키의 아내 에미리와 겁없는 사랑을 나눈다. 카네타카는 무로오카와 함께 마침내 토아케 회장의 경호원으로 선택된다. 카네타카가 강도에게 죽은 네 명의 가족에게 거액의 현금을 보냈다는 사실이 밝혀진다. 파문자의 마지막 생존자 조지가 최고의 용병 올리버 핸드릭슨을 고용했다는 정보가 입수된다. 회장은 클럽에서 만난 타와라야에게 3억 엔을 주고 내부 정보를 빼내오라고 제안한다. 얼마 후 호스티스로 위장한 여자 암살자 루카가 회장에게 독이 든 술을 권하는데...

뉴욕 형사 닉(Nick Conklin: 마이클 더글러스 분)과 찰리(Charlie Vincent: 앤디 가르시아 분)는 야쿠자 두목을 체포해서 일본으로 압송시키기 위해 오사카에 온다. 그러나 형사를 가장하고 온 야쿠자들에게 살인범을 넘겨주고 만다. 이들은 책임을 다하기 위해 일본에 남아 살인자를 추적하지만 오사카 경시청은 전혀 협조를 안한다. 그런 중에도 닉과 찰리는 일본 경찰을 따라다니며 야쿠자들을 찾는다. 한편 복수를 노리던 야쿠자 조직이 찰리를 유인하여 무참히 살해한다. 슬픔에 빠진 닉에게 오사카 경찰 강력 반장 마스모도(Masahiro Matsumoto: 켄 다카쿠라 분)가 찰리의 유품과 함께 총을 건네준다. 닉은 마스모드와 함께 야쿠자 조직에 관한 정보를 캔다. 그들의 접선 정보를 듣고 급습하지만 살인자는 도주한다. 이 사건으로 마스모도 반장은 징계를 당하고 닉은 뉴욕으로 송환된다. 그러나 비행기에서 탈출한 닉은 마스모도와 함께 서로 주도권을 다투는 다른 야쿠자 조직과 연대해 살인자가 숨어 있는 조직의 본부에 잠입, 그들을 소탕한다.

그리 멀지 않은 미래의 도쿄, 구역을 지배하는 각각의 '트라이브'가 주먹으로 그들의 영역을 지킨다. 트라이브 간의 힘이 아슬아슬하게 균형을 잡고 있던 어느 날, 한 사건으로 인해 도쿄의 평화를 위협하는 싸움이 시작된다. 이 대결의 중심축이 된 부쿠로 우롱즈의 보스인 '메라'와 무사시노 사루의 '카이'. '메라'는 무사시노 사루의 '김'을 함정에 빠뜨리는데, 사실 그의 숨은 목적은 그가 증오해 마지않는 '카이'를 유인해 내는 것. 그리고 이 과정에서 등장한 묘령의 여인 '순미'. 왜 ‘메라’는 ‘카이’를 증오하는 것일까? 그리고 ‘순미’의 진짜 정체는 무엇일까? 결국 도쿄의 모든 트라이브가 이 전쟁에 휘말린다. 그리고 그 누구도 잊을 수 없는 화려한 밤의 세계가 문을 연다!