מהו המטריקס? שאלה מצוינת. החיפוש אחר תשובה מוביל את ניאו ההאקר אל נבכי מחילת הארנב ואל האמת הבלתי נתפסת על העולם שהכיר.
"שליט הבובות" המסתורי חודר למוחותיהם של בני אדם והופך אותם למריונטות חסרות ישע. יחידה קרבית בהנהגתה של ההומנואידית היפה קוסנאגי יוצאת למאבק מול הרשע. מסתבר כי מדובר בסוכן חשאי וירטואלי שפותח ע"י משרד החוץ ויצא מכלל שליטה. כשהמרגל שמתגלה ברשת המחשבים מציע לקוסנאגי להתמזג איתו, היא עומדת לפני ההכרעה החשובה של חייה.
בעתיד העולם נשלט ע"י מכונות, ולבני האנוש אין תקווה. עד שבחור בשם ג'ן קונור החליט להתנגד למכונות, הקים את המחתרת ולימד אנשים איך אפשר להביס את המכונות. כאשר סקיינט, הרשת ששולטת במכונות, מבינה את הסיכון בג'ון, היא שולחת רובוט מתוחכם לעבר כדי להתנקש בחייה של שרה קונור, האימא לעתיד של ג'ון קונור ובכך למנוע את תחילת המחתרת, אך המורדים לא מוותרים ושולחים חייל מהעתיד להגן על שרה - וכך מתחיל הקרב על העתיד.
קיילב הוא מתכנת צעיר שנשלח למתקן מחקרי בקצה העולם, המנוהל בידי נייתן המסתורי (אוסקר אייזק, "בתוך לואין דייויס"). נייתן הזמין את קיילב כדי שיעריך רובוט נשי שיצר בעל אינטליגנציה מלאכותית גבוהה, המכונה אווה. השניים מנהלים שיחות על החיים, תודעה עצמית וזיכרונות, וקיילב מתחיל לפתח רגשות כלפי אווה, שבעצמה מגלה עניין רומנטי. אך קיילב לא בטוח כלפי מניעיו האמתיים של נייתן, ומחליט לנהל חקירה סביב המתקן, כשאווה מספקת לו מידע סודי על הבורא שלה.
המכונות שאחראיות על המטריקס שמו על הכוונת את ציון, המוצב האחרון שנמצא בשליטת בני האדם. עכשיו הצוות חייב להגן עליו.
ילד בן 12 נעלם ב-1978, רק בשביל להופיע שוב ב-1986. ב-8 השנים שעברו מאז שהוא נעדר,דייויד לא הזדקן. זה לא במקרה שבזמן שדייויד "חזר בזמן", צלחת מעופפת נמצאה בחוטי חשמל.
הסרט האחרון בטרילוגיית המטריקס מוצא את ניו חסר ההכרה לכוד בתחנת רכבת תחתית באזור שממוקם בין המטריקס לבין עולם המכונות.
סוף העולם מתקרב, והוא מגיע בדמותם של רובוטים קטלניים המאיימים על הקיום האנושי. ג'ון קונור, מי שנועד להגן על האנושות, היה בטוח שסיים את המלאכה כשהשמיד את המפעל שפיתח את הרובוטים כשהיה נער בן 10. לרשת "סקיינט", האחראית על הפיתוח הנ"ל, תוכניות אחרות, והיא איתנה בדעתה לפתח בינה מלאכותית, עכשיו יותר מאי פעם.
קבוצת ניצולים אשר מונהגת על ידי ג'ון קונור נלחמת ב-"סקיינט" וצבא המכונות שלהם כדי למנוע מהם להשלים את העבודה. העתיד כפי שתואר בפני ג'ון קונור במשך כל השנים ואליו הוא התכונן, שונה בשל הופעתו של אדם מסתורי בשם מרקוס רייט אשר הזיכרון האחרון שלו היה שהוא ממתין בתא הנידונים למוות לביצוע גזר דינו. קונור חייב לקבוע אם מרקוס נשלח מן העתיד, או אם הוא ניצל מן העבר. בעוד ש-"סקיינט" מתכננת את הקרב המכריע שלה, קונור ומרקוס יוצאים למסע רב-תלאות בו הם מגלים סוד נורא שעלול להוביל להכחדת האנושות.
ב-2044, שינויים קיצוניים באטמוספרה יגרמו למדבור העולם ולדילול מאסיבי באוכלוסיה. בעולם פוסט אפוקליפטי זה, רובוטים המיוצרים בידי תאגיד "רוק" נשלחים כדי לשמור על הסדר ולהגן על בני האדם. ז'אק הוא סוכן מטעם התאגיד שנשלח לחקור מקרים שבהם רובוטים הפרו את הפרוטוקולים שלהם ופגעו בבני אדם. במהלך חקירותיו, הוא יגלה כמה סודות אפלים שעשויים יהיו להשפיע על עתיד האנושות.
סרט מדע בדיוני. צעירה הרה ובן זוגה מחפשים מקום בטוח בעולם פוסט-אפוקליפטי שהתקוממות אנדרואידים אלימה מטלטלת אותו.
בעתיד הקרוב, חיל-האוויר פיתח מטוס קרב שמוטס ע"י מחשב של אינטיליגנציה מלאכותית. המטוס ממוקם על נושאת מטוסים באוקיינוס השקט כדי ללמוד על צורת קרבות מהטייסים האנושיים שליד. אבל כשהמחשב מפתח צורת מחשבה משלו, בני-האדם לוקחים את הפיקוד כדי לעצור את המחשב לפני שהוא יפתח במלחמה.