체이스가 소멸하고 나서부터 수년 후… 사람들의 기억 속에서 로이뮤드들의 위협이 잊혀져 갈 무렵, 로이뮤드의 리더였던 하트가 되살아난다. 더구나 하트의 체내엔 브렌과 메딕의 코어가 담겨있었다. 같은 시각 로이뮤드와 매우 흡사한 괴물이 출몰해 시민을 습격하는 사건이 발생하자, '이제 와서 미련에 사로잡혀 배회하며 인간을 해하는 로이뮤드는 보고 싶지 않다'고 생각한 하트는 직접 옷타 경부의 수사에 협력한다. 그리고 로이뮤드로 추정되는 괴물에게 습격당한 시민들이 모두 수년 전 로이뮤드에게 카피당했던 사람들임이 판명, 메딕이 카피하였던 하토리 미스즈도 수수께끼의 괴물에게 위협당한다. 마치 로이뮤드들의 집합체 같은 모습을 한 괴물의 넘버는 무려 '5886'...?[4] 하트는 괴물의 넘버와 모습에서 괴물이 가진 무서운 목적과 정체를 알아채지만, 로이뮤드로서의 진정한 힘을 되찾지 못하여 고전을 면치 못한다. 그런 하트의 앞에 토마리 신노스케가 나타나는데.....

「신이 6일 만에 세계를 창조했다면 나는 60분 만에 그것을 파괴하고 낙원을 창조할 것이다.」 갑자기 모습을 드러낸 수수께끼의 사나이 에스/ 가면라이더 에덴은 동참하는 수천 명의 신자들과 함께 전 세계 동시다발 테러를 일으킨다.사람들이 차례차례로 쓰러져, 온 세상이 혼란에 빠지는 가운데, 에스를 멈추기 위해 일어서는 히덴 아루토. 후와 이사무, 야이바 유아, 아마츠 가이, 나아가 멸망신뢰.net의 진 과 호로비도, 가면라이더가 되어 적과 싸우며 진상을 규명하고자 분투한다. 과연 압도적인 강점을 보이는 에스의 정체와 에스가 정조준한 낙원이란 도대체 무엇을 의미하는가? 인간과 AI의 울타리를 넘어 60분 만에 세상을 구해내라!

전 세계를 초토화시켰던 전쟁 이후, 지구 종말의 위기가 다시 찾아온다. 더 강렬하게 진화한 적들의 공격이 인류의 재앙을 불러오고 최정예 파일럿과 업그레이드 된 거대 로봇 예거 군단은 사상 최대의 반격을 시작한다. 하지만 아무도 예상치 못했던 또 다른 적의 등장으로 인류는 전대미문의 위기에 봉착하게 되는데...

가까운 미래, 기후변화로 인해 지구에 갖가지 자연재해가 속출한다. 세계 정부 연합은 더 이상의 재난을 예방하기 위해 세계 인공위성 조직망을 통해 날씨를 조종할 수 있는 '더치보이 프로그램'을 개발한다. 하지만 프로그램에 문제가 생기면서 두바이의 쓰나미와 홍콩의 용암 분출, 리우의 혹한, 모스크바의 폭염까지, 세계 곳곳에서 일어날 수 없는 기상이변이 일어나는데...

AI는 인간과 공존하기 위해 네 가지 원칙을 반드시 준수한다. ‘첫째, 인간을 절대 해치지 않는다’ ‘둘째, 스스로 프로그램을 수정하거나 복제할 수 없다’ ‘셋째, 법을 위반하지 않는다’ ‘넷째, 주인의 명령에 무조건 복종한다’ 그러나 의문의 해킹을 통해 인간의 통제를 벗어나 스스로 사고하게 된 AI들의 이탈이 이어지고, 그들을 쫓는 특수요원, 그리고 비밀의 키를 쥔 해커의 쫓고 쫓기는 추격전이 시작된다.

종말론자들이 개발한 기계들의 공격에 도륙 당한 인류. AI 로봇들은 인간의 언어를 감지해 생존자들을 추격하고, 궁지에 몰린 인류의 저항은 무위의 연속이다. 목숨을 걸고 탈영한 `토마스`는 레지스탕스의 생존자 `릴리아`를 만나 용기를 얻게 되고, 최후의 결전을 위해 기계들의 메인 통제 센터로 향한다.

화성에서 인간이 생존할 수 있는 공간은 오로지 탐사선 뿐. 탐사 대장 ‘메킨지’는 과연 인간을 배신한 인공지능을 뛰어 넘어, 화성을 탈출하여 살아 남을 수 있을까!