Syksy 1941. 43 nuorta saksalaista merimiestä astuu sukellusveneeseen U-96 ja lähtee sotaan Englantia vastaan. Johtajana heillä on vasta 30-vuotias kapteeni. Sodan aikana nuorukaisista kehittyy verenhimoisia saalistajia, jotka pystyvät häikäilemättä tuhoamaan tuhansittain merimiehiä. Ennen pitkää he huomaavat olevansa myös saaliita, vankeina teräsarkussa syvällä merenpinnan alla.
Nuori Bruno elää ylellistä elämää yhdessä äitinsä, isosiskonsa ja SS-upseeri-isänsä kanssa. Perhe muuttaa maalle, ja Brunon isästä tulee vankileirin komentaja. Bruno tutustuu nuoreen Shmueliin, joka on jostain syystä pukeutunut raidalliseen pyjamaan ja asuu sähköaidan toisella puolella. Pian Brunolle selviää, että ystävystyminen pojan kanssa on kielletty, koska tämä on juutalainen, ja että aidan takana onkin vankileiri tuhoamista odottaville juutalaisille.
Vuonna 1942 brittisotilas Jack Celliers saapuu japanilaiselle vankileirille. Leiriä johtaa Yonoi, jolla on vankka usko kuriin ja kunniaan. Hänen mielestään liittoutuneet vangit ovat pelkureita, koska nämä valitsivat antautumisen itsemurhan sijasta. Yksi vangeista, tulkkina toimiva John Lawrence, yrittää selittää japanilaista ajattelutapaa.
Lokakuu 1962. Koko maailma on ydinsodan partaalla. Yhteenotto Yhdysvaltojen ja Neuvostoliiton välillä on lähempänä kuin koskaan: amerikkalaisten vakoilijakone U-2 paljastaa neuvosto-ohjukset Kuubassa, amerikkalaisten takapihalla. Kolmentoista päivän ajan presidentti John F. Kennedy ja hänen lähimmät miehensä työskentelevät raivokkaasti ratkaistakseen kriisin. Tuskainen maailma seuraa vieressä ja odottaa.
Toinen maailmasota on kääntymässä Liittoutuneiden eduksi ja Saksan häviö ja tuho näyttää varmalta. Osa Natsi-Saksan korkeista upseereista on käynnistänyt Operaatio Valkyrien, tarkoituksena salamurhata Adolf Hitler ja saada siten mahdollisuuden neuvotella rauhasta. Liittoutuneet ovat koonneet erikoisryhmän ja lähettäneet sen noutamaan rintamalinjan takaa miehen, jonka on määrä johtaa sodanjälkeistä Saksaa. Kun Hitlerin salamurha epäonnistuu, kaikki muuttuu. Joukkue huomaa joutuneensa tekemään yhteistyötä uusien, ei niin todennäköisten, liittolaisten kanssa. Nyt tehtävänä on estää ryhmä SS-upseereita pakenemasta Argentiinaan perustamaan uutta Neljättä Valtakuntaa.