Muromachi Aroan (1336-1573), Ashitaka, Emishi printzipea dena, herriaren aurka egin nahi duen munstro (Nago) batekin borrokatzean zaurituta geratzen da. Zauri horrek madarikazio bat du eta sendabide bila, Nagoren bizilekurantz doa. Hor hiru indar daude borrokan. Basoko animaliak, non Mononoke neska otsoekin bizi den; herritarrak, burdin labeen bidez bizirauten dutenak eta burdin bila basoko zuhaitzak moztu behar dituztenak eta Samuraiak, herria harpilatu nahi dutenak. Animazio japoniarreko pelikula onenetarikoa (edo onena).
New Yorken krimen-bolada izugarria pairatzen ari dira. Poliziak ez du susmagarririk eta misteriotsuena zera da: kriminalak ikusezinak dira eta erabat isilak. Ordena mantentzeko gai direna bakarrak Ninja dortoka mutante alai batzuk dira: Donatello, Leonardo, Raphael eta Michelangelo.