ფილმი დაფუძნებულია 1898 წელს აფრიკაში მომხდარ ნამდვილ ისტორიაზე ორი ლომის შესახებ, რომლებბმაც 130 კაცი დახოცეს 9 თვის განმავლობაში, სანამ ხიდების მშენებელი ინჟინერი და გამოცდილი მონადირე მათ შეჩერებას არ შეეცადნენ.
ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.