Ένας νεοφερμένος στο εγκληματολογικό τμήμα ντετέκτιβ και ένας μαύρος συνάδελφός του, που πρόκειται σύντομα να συνταξιοδοτηθεί, προσπαθούν να συλλάβουν έναν κατ' εξεκολούθησιν δολοφόνο, του οποίου οι φόνοι παραπέμπουν στα επτά θανάσιμα αμαρτήματα.
Ένας αστυνομικός παραιτείται από την υπηρεσία του επειδή πάσχει από ακροφοβία. Κάποια στιγμή συναντάει ένα φίλο του, ο οποίος του προτείνει να παρακολουθήσει τη γυναίκα του γιατί φοβάται ότι πάσχει από διχασμό προσωπικότητας και έχει τάσεις αυτοκτονίας.
Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Πέντε άνδρες από τον υπόκοσμο της Νέας Υόρκης προσάγονται ως ύποπτοι για τη ληστεία ενός φορτηγού με όπλα. Ο ένας από αυτούς, ο Κίτον, είναι πρώην διεφθαρμένος αστυνομικός ο οποίος πλέον προσπαθεί να ανελιχθεί επιχειρηματικά με νόμιμους τρόπους και διατηρεί ερωτική σχέση με γνωστή δικηγόρο, ενώ ο λιγότερο διαβόητος, ο Ρότζερ «Βέρμπαλ» Κιντ, είναι απλώς ένας κουτσός και αφελής μικροαπατεώνας.
Λαμπερτον. Μικρη κωμοπολη στην Νοτια Καρολινα. Ο Τζέφρι, που επέστρεψε πρόσφατα στη γενέτειρά του, βρίσκει ένα κομμένο αφτί. Η αστυνομια ερευνα το μυστηριο, μεσα στο οποιο μπλεκεται και ο ιδιος μαζι με την κορη ενος αστυνομικου, την Σαντυ. Στην αλλη ακρη της πολης κατοικει η κολαση. Το ονομα της Φρανκ: βιαιος, διεστραμμενος, ναρκομανης, ψυχικα διαταραγμενος γκανγκστερ, ανθρωπομορφο τερας που λατρευει τον Ροι Ορμπινσον και βασανιζει με μεγαλη ευχαριστιση την ομορφη Ντοροθι, τραγουδιστρια σε ναιτ κλαμπ.
Στο μακρινό μέλλον, ένα θηλυκό σάιμποργκ ξυπνά χάρη στην επέμβαση ενός συμπονετικού γιατρού. Καθώς δεν αναγνωρίζει τον κόσμο γύρω της και δεν θυμάται το παρελθόν της, θα ξεκινήσει ένα ταξίδι αναζήτησης της αληθινής ταυτότητάς της.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Ζορζ, παρουσιαστής λογοτεχνικής τηλεοπτικής εκπομπής, αρχίζει να λαμβάνει ανώνυμα πακέτα με βιντεοκασέτες που δείχνουν τον ίδιο σε οικογενειακές στιγμές. Δεν έχει ιδέα ποιος μπορεί να τα στέλνει και τι αποζητά, όταν όμως το περιεχόμενο στις βιντεοκασέτες γίνεται όλο και πιο προσωπικό, ο Ζορζ νιώθει ότι ίσως ο αποστολέας να είναι από τον στενό του κύκλο. Κι ενώ η αίσθηση του κινδύνου και της βίας που μπορεί να ξεσπάσει αναπάντεχα είναι διάχυτη στην ατμόσφαιρα, η αστυνομία, εφόσον δεν υπάρχει συγκεκριμένη απειλή, αρνείται οποιανδήποτε βοήθεια... Τα στοιχεία οδηγούν σε έναν άνδρα που κρατάει κακία στον Ζορζ από ένα επεισόδιο στην παιδική τους ηλικία. Τι συνέβη τότε και πού ακριβώς αποσκοπεί ο αποστολέας; Η αντιπαράθεση του Ζορζ με το παρελθόν του σύντομα αρχίζει να υπονομεύει την ίδια του - ευυπόληπτη και ασφαλή μέχρι τότε - ύπαρξη.
Ένας αστυνομικός καλείται να εξιχνιάσει τον αποτρόπαιο φόνο ενός πρώην ροκ σταρ. Βασικός ύποπτος είναι η συγγραφέας Κάθριν Τρεμέλ, η οποία θα τον παρασύρει σε ένα παιχνίδι σαγήνης και διαστροφών, έως ότου μία ψυχίατρος της αστυνομίας ανακαλύψει ότι ο φόνος τον οποίο ερευνούν περιγράφεται επακριβώς σε ένα από τα βιβλία της.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.