Nel Giappone del XVI secolo in cui orde di soldati sbandati e dediti al brigantaggio saccheggiano le campagne, la popolazione di un povero villaggio decide di ricorrere ai samurai, nobile casta di soldati di ventura, nella speranza di trovare qualcuno disposto a impegnarsi in un'impresa così umile e così poco remunerata. Li trovano.

Il vedovo Watanabe, capufficio della sezione civile, conduce da trent' anni la sua routine impiegatizia. Quando apprende di avere un cancro allo stomaco la sua esistenza subisce una svolta.

Cinquantaquattro ragazze liceali si tengono per mano, sorridono e si suicidano improvvisamente, gettandosi sotto un treno in corsa nella metropolitana di Shinjuku. Il detective Kuroda viene incaricato del caso, e inizia a seguire diverse piste. Intanto Tokyo è sconvolta da una serie di inspiegabili suicidi, commessi da ragazzi e ragazze di età inferiore ai 16 anni. Inizialmente convinto che si tratti di una coincidenza, Kuroda capisce che c'è qualcosa di più.

Durante la seconda Guerra Mondiale la lingua navajo era usata per codificare i messaggi top secret impedendo ai giapponesi di decifrarli. La soluzione più semplice per gli orientali era di assicurarsi i servigi dei navajo di stanza presso l'esercito americano. Per cautelarsi da questo rischio a questi soldati vennero assegnate addirittura delle guardie del corpo militari che li uccidessero in caso di estremo pericolo...

Il giovanissimo Daniel vittorioso in una dura gara di "Karate", grazie all'addestramento fatto sotto le vigili cure di Miyagi, vive nella sua linda casetta nippo-americana. Profittando dei preziosi consigli e della impeccabile tecnica del venerato maestro di arti marziali, il simpatico ragazzo ha raggiunto un traguardo prestigioso, maturando con la nuova disciplina la propria personalità anche sul piano caratteriale e morale. Quando Miyagi viene richiamato nel suo villaggio natale presso Okinawa dalla notizia della gravissima malattia del vecchio padre, Daniel ottiene di accompagnarlo nel triste viaggio.

Alla fine di Crows Zero II abbiamo visto Genji Takiya diplomarsi dalla scuola superiore Suzuran. Con l'inizio del nuovo anno scolastico comincia una nuova battaglia per ottenere la supremazia. Con il posto del capo vacante, Toru Goura sembrerebbe la persona più vicina a riempire il ruolo lasciato da Genji, ma dovrà affrontare degli agguerriti rivali. Nel frattempo, comincia a montare un nuovo conflitto con la scuola industriale rivale, la Kurosaki.

Un senzatetto colpito da amnesia si accorge di riuscire a vedere i traumi più reconditi degli altri dopo un esperimento medico e la realtà sconfina nell'illusione.