توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
لس‌آنجلس. گروهی تروریست اداره‌ی مرکزی جدیدالتأسیس یک شرکت ژاپنی را تصرف می‌کنند و مهمانان شرکت کنندگان در مهمانی شب سال نو را به گروگان می‌گیرند. در این جا «جان مکلین» (ویلیس) پلیس نیویورکی، نبردی یک تنه را علیه مهاجمان آغاز می‌کند.
یک نوازنده ساكسیفونی بنام «فرد مادیسون» در آیفون خانه اش میشنود که "دیک لورنت مرده است". این پیام در ابتدا برای او بی مفهوم است. روزی همسرش بسته‌ای حاوی یک کاست ویدئو در جلو خانه پیدا می‌کند، وقتی با هم به تماشای آن مینشینند نمای بیرونی خانه خود را مبینند. آن دو حدس میزنند که فیلم را یک بنگاه معاملات ملکی فرستاده است. بعدتر فیلمی دیگر پیدا می‌کنند که اینبار علاوه بر نمای بیرون، وارد خانه شده و آنها را خوابیده در اتاق خواب نشان می‌دهد. نگران از این موضوع، به پلیس آگاهی می‌دهند. ماموران پلیس ناتوان از حل معما از آنها می خواهند ضریب امنیتی خانه را بالاتر ببرند...
کارآگاه «فیلیپ مارلو» ( الیوت گولد ) سعی دارد به یکی از دوستان نزدیکش که به جرم قتل همسرش بازداشت شده است کمک کند...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
فیلم داستان کارآگاه خصوصی به نام "فیلیپ مارلو" و تلاش او برای پیدا کردن "ولما" رقاص یک کلوپ شبانه و دوست دختر "موس مالوی" تبهکاری که تازه از زندان آزاد شده را روایت می کند...
پلیس سابق، «برایان او کانر»، به خاطر فراری دادن دوست متهمش، دستگیر می‌شود. اکنون به او فرصتی داده شده تا پلیس از مجازاتش چشم پوشی کند. او باید همراه یکی از دوستان قدیمی‌اش، به پلیس در دستگیری یک وارد کننده مواد مخدر کمک کند.