거대한 매머드가 북미 대륙을 거닐던 아득히 먼 옛날, 세 명의 형제가 살고 있다. 키나이(Kenai)는 세 형제 중 막내며, 토템 의식을 받는 중이다. 키나이가 인생을 잘 해쳐나갈 수 있도록 북아메리카의 부족 주신이 치러주는 의식이다. 부락의 무당인 타나나(Tanana)는 키나이에게 “사랑”의 의미를 담은 징표로써 조각한 곰의 토템을 건네준다. 그러자 키나이는 이에 몹시 실망한다. 내심으론 큰형 시트카(Sitka)가 받은 독수리 토템(지도자의 상징)이나 둘 째 형이 받은 늑대 토템(지혜의 상징) 등 더 중요한 징표를 바란 것이다. 시트카가 키나이를 위로하려고 애쓰는 반면 데나히는 키나이를 심술궂게 놀리기만 하는데...

집을 비우면 다시 시작되는 펫들의 시크릿 라이프! 집구석 걱정에 하루도 편할 날이 없는 ‘맥스’ 캣닢을 사랑하는 자유로운 영혼 ‘클로이’ 슈퍼히어로를 따라 하는 토끼 ‘스노우볼’ 완벽하게 고양이가 되고픈 강아지 ‘기젯’까지 아직도 나만 몰랐던 마이펫들의 속마음이 공개된다! “우릴 키운다고? 그건 니 생각이고~”

어느 봄 비바람치던 밤에 세상에 태어난 새끼 돼지 윌버. 너무 조그맣다는 이유로 윌버는 곧장 죽을 위험에 처하지만, 농장의 철부지 어린 딸 펀(다코타 패닝)의 도움으로 삼촌네 농장에서 다른 동물들과 함께 지내게 된다. 친구를 사귀고 싶어하는 윌버의 바람과는 달리 동물들은 자기네끼리 무슨 비밀을 감춘 듯 윌버를 멀리 대한다. 그때 어디선가 들려오는 다정한 목소리. 그 목소리의 주인공은 농장 천장에 사는 거미 샬롯으로, 샬롯은 윌버의 친구가 되어 주기로 약속한다. 언제나 자신의 편이 되어 주는 어린 펀과 새로운 친구 샬롯까지 만난 아기 돼지 윌버는 하루하루가 너무 행복하기만 한데… 행복한 시간도 잠시, 윌버는 여물통 밑에 사는 까칠한 쥐 템플턴으로부터 지금까지 동물들이 쉿쉿~ 감춰왔던 충격적인 비밀을 듣게 된다. 그것은 겨울이 오기 전 윌버는 햄이 되어 식탁에 올라갈 운명이라는 것! 첫 눈을 기다리며 설레여 하던 윌버는 다리 휘청이는 이 소식에 금새 울상이 되고, 샬롯은 윌버를 위로하며 끝까지 윌버를 지켜주겠다고 약속한다. 그리고 모두가 잠이 든 그날 밤, 샬롯은 윌버를 위해 그 누구도 생각하지 못했던 특별한 기적을 준비하는데…

베이브는 지역 양몰이 대회에서 우승하지만 주인인 호지트씨의 사고로 은행에 농장을 빼앗기게 되자 에스미는 거액의 사례비를 받고 베이브를 품평회 개막식에 보내기로 한다. 공항에서 에스미와 헤어진 베이브는 돼지가 투숙할 수 있는 유일한 모텔 '벼룩지대'에 서커스 출연자들인 동물들과 함께 투숙한다. 그러나 베이브의 실수로 서커스가 엉망이 되고 모두 보호소로 끌려간다. 베이브는 보호소에서 탈출해 다른 동물들도 모두 구출, 에스미와 많은 동물들과 농장으로 돌아온다.