23. stoljeće, svemirski brod Enterprise nalazi se na rutinskom zadatku kada admiral James T. Kirk primi hitnu poruku iz svemirskog laboratorija Regula 1. Tajnu napravu zvanu 'Projekt postanak' prisvojio je Kirkov stari neprijatelj Khan, briljantni odmetnik iz 20. stoljeća koji ovu napravu koja predstavlja prijetnju cijelom svemiru kani upotrijebiti u smrtonosnoj igri osvete. Uz pomoć svoje grupe genetski modificiranih superljudi Khan preuzme kontrolu nad jednim federacijskim brodom te krene u potjeru za Enterpriseom, odlučan da ništa ne stane na put njegovu cilju: ubojstvu admirala Kirka… Čak i ako to dovede do općeg uništenja.
24. je stoljeće. Na zapovjedni brod Federacije krenula je ratna flotila strašnih Borgova, rase kibernetički promijenjenih ljudi kojima zapovjeda zla kraljica (Alice Krige). Njihov cilj je podrediti sve rase u svemiru, a da bi ga ostavarili moraju se dočepati izuma genijalnoga Zeframa Cochranea (James Cromwell) i njegove pomoćnice Lily (AlfreAlfre Woodard). Zeframov izum omogućuje putovanje kroz vrijeme i svladavanje nemjerljivih međugalaktičkih prostranstava. Novi svemirski brod 'Enterprise E' pod zapovjedništvom kapetana Picarda (Patrick Stewart) dobiva naređenje da se ne miješa u borbu između zlih Borgova i federacijskih brodova. Picard jedini prepoznaje sav užas situacije, jer je već jednom bio u borgovskom zarobljeništvu. Kada vidi da će Federacija izgubiti bitku, prekršava naredbu i uništava protivnike, osim jednog manjeg dijela koji uspijeva pobjeći i stvoriti vremensku distorziju zahvaljujući kojoj se mogu vratiti u prošlost.
23. je stoljeće i tajnovita izvanzemaljska sila prijeti Zemlji isparavajući oceane i uništavajući atmosferu. U mahnitom pokušaju da spase čovječanstvo, Kirk i njegova posada moraju se vratiti u 1986. godinu u San Francisco gdje pronalaze svijet punka, pizze i autobusa na kojima morate imate točan iznos za plaćanje, što im je jednako strano kao bilo što s čime su se susreli u dalekim prostranstvima galaksije.
Nakon godina ratovanja, Federacija i Klingonsko carstvo pripremaju se za mirovnu konferenciju, kada navodni napad Enterprise-a gotovo uništi jedan klingonski brod. Oba svijeta pripremaju se za mogući posljednji, pogubni susret.
Film se nastavlja tamo gdje je završio prethodni, 'Zvjezdane staze II: Khanov bijes'. Nakon Spockova pogreba, posada se vraća kući. Kod kuće saznaju da će njihov brod Enterprise zbog starosti biti povučen iz uporabe. No uskoro kapetana James T. Kirka (William Shatner) posjeti Spockov otac Sarek (Mark Lenard) i priopći mu da je Spock zapravo živ. Njegovo tijelo zarobljeno je na planetu na kojem je na snazi projekt Genesis, a dušu je prije smrti preselio u um doktora McCoya (DeForest Kelley), koji sad pati od trauma i deziluzioniranosti. Stoga je potrebno McCoya odvesti na Vulkan kako bi se Spock vratio u život, a McCoy opet postao onaj stari. Sada je kapetan Kirk prisiljen ukrasti Enterprise, unatoč zabrani vrhovništva te sa svojom posadom krenuti u spašavanje prijatelja.
Na prvi let novog međuzvjezdanog broda 'Enterprise B' pozvan je i umirovljeni veterani svemirske flotile, legendarni kapetan James T. Kirk (William Shatner) sa svojim časnicima Montgomerryjem Scottom (James Doohan) i Pavelom Chekovom (Walter Koenig). Rutinska pokusna vožnja pretvorila se neočekivano u pogibeljno spašavanje vozila zaglavljenih u golemoj svemirskoj energetskoj vrpci Nexus, prilikom kojega kapetan Kirk nestaje u svemiru. Sedamnaest godina kasnije, kapetan najnovijega 'Enterprise'-a oznake D, Jean Luc Picard (Patrick Stewart) spašava s razorene istraživačke postaje elaurionskoga astrofizičara Sorana (Malcolma McDowella). Pritom ne zna da je brodolomac zbog kojega je riskirao vlastiti život i život svoje posade zapravo tvorac monstruoznoga plana kojemu je cilj uništiti milijune života. Kapetan ne zna ni da će mu presudnu pomoć pri zaustavljanju zločinca dati njegov davno iščeznuli kolega...
Deveti film znanstveno-fantastičnog serijala Zvjezdane staze. Kapetan Picard i njegova posada bore se protiv izvanzemaljske rase Sona koji u dogovoru s nekim pripadnicima Federacije žele raseliti stanovnike planeta Baku, i njihovu tajnu besmrtnosti prisvojiti za sebe...
Nakon radosnog vjenčanja Williama Rikera i Deanne Troi Picard dobije još jedan razlog za slavlje: Romulanci žele mir, a kapetan će biti izaslanik Federacije. No dok Enterprise putuje prema Romulu, ondje ih očekuje genijalni zlikovac koji skriva pakleni plan uništenja te nezamislivu tajnu koja će Picardu pružiti najstrašniji izazov. Shinzon, remanski klon Picarda, želi ni manje ni više nego pokoriti Romulansko carstvo, potpuno razoriti Zemlju te usmrtiti kapetana Picarda.
Spockov polubrat Sybok otima svemirski brod Enterprise zajedno s posadom kako bi otišao u središte galaksije, gdje se navodno nalazi planet na kojem se nalazi - Bog.