2027. godine, u kaotičnom svijetu u kojem se ljudi više ne mogu razmnožavati, bivši aktivist pristane prevesti čudesno trudnu ženu do svetilišta na moru, gdje rođenje njezinog djeteta može pomoći znanstvenicima da spase budućnost čovječanstva.
Amnezija je spasila posada talijanskog ribarskog broda kad pluta na moru. Nema identitet i prošlost, ali posjeduje niz izvanrednih talenata u lingvističkim, borilačkim i samoobrambenim umijećima koji sugeriraju profesiju rizika. Zbunjen i dezorijentiran, on poduzima besnu potragu da otkrije tko je i zašto je njegov život preuzeo tako opasan zaokret.
Nakon što je izgubio pamćenje i jedinu osobu koju je volio, Bourne je prisiljen razotkriti svoju prošlost kako bi mogao imati budućnost. Putujući od Moskve, Pariza, Londona do Tangera i New Yorka, nastavlja potragu za pravim Jasonom Bourneom – cijelo vrijeme nastojeći nadmudriti brojne policajce, savezne časnike i Interpolove agente koji ga drže na nišanu.
Prošlost Jason Bournea vraća se po njega. U drugom dijelu sage o tri filma koja se temelji na životu Jason Bournea, bivšeg CIA-inog agenta koji gubi pamćenje i dok se bori da ga oporavi i otkrije tko je on, našao se uključen u mrežu špijunaže i vladine manipulacije od strane Sjedinjenih Država gdje će ga progoniti profesionalni ubojice, paravojni plaćenici i bivši CIA-ini drugovi. Film započinje u Goi u Indiji, gdje su Jason i Marie otišli živjeti da bi se sakrili od Treadstonea, ali tamo ima bivšu tvrtku agent ih locira i progoni. Jason Bourne započinje svoju avanturu da otkrije svoju prošlost sjećanjem se dijela toga i progoni agenta koji se također predstavlja kao on.
Satelit koji se sruši u blizini malog sela u Arizoni sa sobom nosi i neželjenog gosta - iznimno ubojiti vanzemaljski virus. Nakon što svi stanovnici sela nastradaju, sudbina cijelog svijeta se nađe u rukama grupe znanstvenika koji moraju dati sve od sebe kako bi spriječili daljnje širenje smrtonosne zaraze.
Kada agent CIA-e otkrije inkriminirajuće agencijine tajne, po čitavom ga svijetu počne goniti sociopatski odmetnuti operativac koji je ponudio nagradu za njegovu glavu.
Kada dođe do ubojstva trenera u elitnom klubu New Delhiju, lukavi istražitelj traži ubojicu i usput otkriva prljave tajne ekstremno bogatih članova kluba.
Filmsku glumicu je ubio muž ljubomoran na njezine mlade prijatelje te je ostavio njeno tijelo na plaži. Pisac Robert Tisdall (D. De Marney) ga je uočio i potrčao u namjeri da pozove policiju, a svjedoci su zaključili da je on ubojica. Robert je uhićen i lažno optužen za glumičino ubojstvo.