2035. godine osuđeni James Cole nevoljko se dobrovoljno vratio u prošlost kako bi otkrio podrijetlo smrtonosnog virusa koji je izbrisao gotovo cijelo stanovništvo zemlje i prisilio preživjele u podzemne zajednice. Ali kad Colea pogrešno pošalju u 1990. umjesto u 1996., uhićen je i zatvoren u mentalnu bolnicu. Tamo upoznaje psihijatra dr. Kathryn Railly i pacijenta Jeffreyja Goinesa, sina poznatog stručnjaka za viruse, koji možda drži ključ misteriozne nevaljale skupine, Armije 12 majmuna, za koju se smatra da je odgovorna za oslobađanje od ubojite bolesti.

Stigavši kao turisti u francuski Maroko, američki kirurg Ben MacKenna, njegova supruga Jo i desetgodišnji sin Hank, već u autobusu za Marakesh upoznaju simpatičnoga Francuza Louisa Bernarda. Samo dvadeset i četiri sata kasnije, njihov novi poznanik umre na liječnikovim rukama proboden nožem na prepunom arapskom bazaru. Ubrzo nestaje mali Hank, a otmičari poručuju da će ostati na životu samo ako MacKenna nikome ne oda tajnu koju mu je prošaptao umirući. Očajni otac, znajući da se ne smije obratiti policiji, pretvara se u istražitelja. Put ga vodi u London...