Arrivati in una città deserta, Scooby-Doo e i suoi amici Shaggy, Daphne, Fred e Velma vengono trascinati a bordo di un’astronave aliena. I nostri amici dovranno cercare di mettersi in salvo e nel contempo risolvere il mistero della presenza extraterreste sul nostro pianeta. Non sarà un’impresa facile…

Uno stimato chirurgo accoglie un ragazzo sinistro sotto la sua ala protettrice, senza che nessuno ne sappia il motivo. Il suo gesto, che preoccupa la famiglia e i conoscenti, avrà conseguenze disastrose.

Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...

Ethan si sente profondamente in colpa per la morte dei genitori in un incidente d'auto. Con davanti a sé un promettente futuro al MIT, lavora a un rivoluzionario esperimento con l'obiettivo di prendersi cura dei fratelli più piccoli.