A Federação da Terra se prepara para levar a guerra à terra natal de Zeon. O piloto veterano Amuro Ray volta ao espaço para a batalha final.

Em pleno território inimigo e perseguidos pelos soldados de Zeon, a nave Base Branca da Federação da Terra e o piloto do Gundam Amuro Ray lutam para regressar.

O crime organizado volta a invadir a lendária Gothan City. Durante muito tempo, a figura sombria do cavaleiro das trevas impedia o avanço do crime na cidade. Hoje, Bruce Wayne já não tem mais forças para vestir novamente o uniforme de Batman e combater as novas gangues que surgiram no século 21.Quando o jovem Terry McGinnis descobre acidentalmente a verdadeira identidade de Batman, uma nova aliança é forjada para acabar com crime nas ruas da cidade. Com toda a tecnologia, os bandidos vão enfrentar o pesadelo do novo milênio: Batman, a lenda renasce!

Motoko Kusanagi e os membros da Divisão de Segurança Pública 9 conhecem Takashi Shimamura, que lidera o grupo de refugiados "N". O ano é 2045, quando um ataque pós humano começa nas ruínas de Tóquio, onde a singularidade da evolução se aproxima. O desastre económico que abalou todas as nações e a evolução explosiva da IA ​​mergulharam o mundo numa guerra planeada e sustentável. A fim de impedir os crimes cibernéticos cometidos pelos novos "pós humanos" que surgiram repentinamente na sociedade cibernética, a Seção 9 de Segurança Pública, liderada pela ciborgue protética de corpo inteiro Motoko Kusanagi, dirige-se a Tóquio, que estava em ruínas durante o último guerra. À medida que a ameaça de guerra nuclear devido a um submarino nuclear capturado se aproxima, uma batalha a três entre a Secção 9 de Segurança Pública, a América e os pós humanos intensifica-se.

A última esperança da Federação da Terra na luta contra o Principado de Zeon está no protótipo da armadura de voo Gundam e no jovem piloto Amuro Ray.