Motoko Kusanagi e os membros da Divisão de Segurança Pública 9 conhecem Takashi Shimamura, que lidera o grupo de refugiados "N". O ano é 2045, quando um ataque pós humano começa nas ruínas de Tóquio, onde a singularidade da evolução se aproxima. O desastre económico que abalou todas as nações e a evolução explosiva da IA ​​mergulharam o mundo numa guerra planeada e sustentável. A fim de impedir os crimes cibernéticos cometidos pelos novos "pós humanos" que surgiram repentinamente na sociedade cibernética, a Seção 9 de Segurança Pública, liderada pela ciborgue protética de corpo inteiro Motoko Kusanagi, dirige-se a Tóquio, que estava em ruínas durante o último guerra. À medida que a ameaça de guerra nuclear devido a um submarino nuclear capturado se aproxima, uma batalha a três entre a Secção 9 de Segurança Pública, a América e os pós humanos intensifica-se.

Rune Ballot é uma prostituta adolescente deprimida de Mardock City. Um dia, ela foi apanhada por um ambicioso gerente de cassino chamado Shell, que lhe deu tudo o que ela poderia desejar. Renovada por uma falsa inocência, um falso passado e agora a falsa vida que Shell lhe deu, Ballot se sente grato. No entanto, ela não consegue deixar de ficar curiosa para saber por que ele fez tanto por ela, então ela faz algumas pesquisas sobre o passado dele em um computador. Isso acaba sendo um erro que mudará muito sua vida. Quando Shell descobre o que ela fez, ele tenta queimá-la até a morte explodindo seu carro.

Baseado no best-seller de banda desenhada, Vin Diesel protagoniza “Bloodshot” na pele de Ray Garrison, um soldado recentemente morto em combate e ressuscitado como o super – humano Bloodshot da empresa RST. Com um exército de nanotecnologia nas suas veias, Rayé uma força imparável – mais forte do que nunca e capaz de se curar instantaneamente. Mas, ao controlar o seu corpo, a empresa controla também a sua mente e as suas memórias. Agora, Ray não sabe o que é real e o que não é, mas está decidido a descobrir a verdade.

Motoko e seu esquadrão estão finalmente no encalce do Incendiário "Fire-Starter", mas as coisas ficam tensas quando eles são instruídos a assumir um papel secundário na operação policial.

Pinocchio 964 é um escravo sexual com a memória apagada que é jogado fora por seus proprietários por não manter uma ereção. Não está claro de que forma ele foi modificado além de não ter nenhuma memória e ser incapaz de se comunicar. Ele é descoberto por Himiko enquanto estava vagando sem rumo pela cidade. Himiko também teve sua memória apagada, possivelmente pela mesma empresa que produziu Pinocchio, mas ela é totalmente funcional. Himiko passa os dias desenhando mapas da cidade, para ajudar outras pessoas com a memória apagada. Himiko leva Pinóquio para casa e tenta ensiná-lo a falar. Depois de muito esforço ele tem um grande avanço e, finalmente, torna-se consciente de sua situação. Neste ponto, seu corpo entra em erupção em uma metamorfose inexplicável e torna-se claro que as suas modificações eram muito mais profundas do que a simples perda de memória. Himiko também começa a transformar, embora de uma forma muito mais sutil.