Paskutinėje „Matricos“ trilogijos dalyje karas tarp žmonijos ir mašinų pasiekia kulminaciją: Ziono armija, padedama drąsių civilių savanorių, desperatiškai bando atsilaikyti prieš sentinelų invaziją. Zioniečių rankose – visos žmonijos ateitis. Tuo metu Neo laukia lemiamas mūšis su žiauriuoju agentu Smitu.