Bivši CIA operativac (Brosnan) morati će se aktivirati, no ovoga puta zadatak će biti potpunoosobne prirode. Suparnik će mu biti bivši učenik, a u cijelu priču uplesti će se visoko rangirani dužnosnici njegove agencije te sudionici ruskih predsjedničkih izbora...
Radnja filma smještena je u blisku budućnost, a elitna jedinica G.I. Joe koristi najnoviju špijunsku i vojnu tehnologiju kako bi zaustavili krijumčara oružjem Destroa i rastuću prijetnju misteriozne organizacije Cobra koja svijet namjerava pretvoriti u kaos. Dvojica prijatelja, Duke i Ripcord (Tatum i Wayans) novopridošlice u G.I. Joe jedinici prvo će morati izaći na kraj s najnovijom tehnologijom s kakvom se do sada nisu susreli, a nakon toga pokušat će zaustaviti duplo jačeg neprijatelja...