Il film conclusivo della serie animata Gintama, adattando i capitoli finali dell'omonima serie a fumetti di Hideaki Sorachi. Il film copre i capitoli 699-704 dei fumetti originali, con l'aggiunta di materiale originale.

Hodaka è uno studente delle superiori che decide di scappare di casa e da una remota isola si trasferisce a Tokyo. In città inizialmente fa fatica a mantenersi perché non è in grado di lavorare legalmente a causa del suo status di minorenne in fuga, ma finalmente trova un lavoro come scrittore per una piccola rivista sull'occulto. Dopo aver iniziato il suo lavoro, il tempo diventa sempre più piovoso giorno dopo giorno. In un angolo della città affollata e frenetica, Hodaka incontra una ragazza di nome Hina. Costretti dalle circostanze, Hina e il fratello minore vivono insieme, anche se accettano la situazione allegramente. Hina ha anche un potere: è in grado di fermare la pioggia e schiarire il cielo.

Durante l'Expo dei Pirati, una manifestazione "fatta dai pirati per i pirati", si riuniscono i pirati di tutti il mondo. Tra questi, vi sono di certo alcuni di quelli che vengono ritenuti tra i più pericolosi. La Ciurma di Cappello di Paglia non può fare a meno di unirsi a loro per mettersi sulle tracce di un tesoro a lungo perduto e appartenuto nient'altro che a Gol D. Roger.

In seguito al conflitto più devastante che il genere umano abbia mai sperimentato, la piccola isola di Shikotan viene a far parte dei territori compresi in Sakhalin Oblast. E qui, al remoto confine non guarito di questo mondo, che nasce l'amicizia tra bambini di due paesi diversi, che insieme cercano di superare le barriere linguistiche e le cicatrici figlie della storia.

L'incapacità di un timido adolescente di dire di no è messa alla prova quando una tenace ragazza lo porta in un viaggio mistico tra la neve estiva per trovare la madre scomparsa.

Uta: la cantante più amata al mondo. La sua voce, con cui canta nascondendo la sua vera identità, è stata descritta come "ultraterrena". Apparirà in pubblico per la prima volta in un concerto dal vivo. I fan di Uta, insieme a pirati eccitati, alla Marina che osserva da vicino e alla Ciurma di Cappello di Paglia che è semplicemente venuta per godersi la sua performance, si riuniscono per ascoltare la voce che il mondo intero stava aspettando. La storia inizia con il fatto scioccante che lei è la "figlia di Shanks". Uta sale sul palco, con il solito desiderio di "Rendere felice il mondo con la mia musica". C'è Gordon, un personaggio misterioso che conosce il passato di Uta e intravede l'ombra di Shanks. Su Elegia, l'isola della musica, Luffy e Uta si riuniscono per la prima volta dall'ultima volta che si sono incontrati 12 anni fa nel Villaggio di Foosha.

Isaac Netero è il presidente della Hunter Association. Decenni fa ha sigillato Jed, un cacciatore che aveva imparato l'uso di On, l'"ombra" oscura di Nen. Gli utenti di Now On sono riapparsi al torneo "Battle Olympia" di Heaven's Arena. Per Netero questa è l'ultima missione: proteggere l'Associazione e il mondo da una minaccia mossa dall'odio e dalla sete di vendetta. E avrà bisogno di tutto l'aiuto possibile per avere successo.

La storia sarà divisa in due parti, una incentrata su Yūsuke Makishima e l'altra su Jinpachi Tōdō. La storia di Makishima spiegherà come è entrato a far parte del club di ciclismo della Sōhoku al primo anno delle superiori, e come è stato deriso dai suoi compagni di scuola più anziani per il suo strano stile nel pedalare la bici. La storia di Tōdō rivelerà come è entrato a far parte della squadra di ciclismo nel secondo anno delle medie, quando un amico l'aveva sfidato a una gara, ma aveva inizialmente rifiutato perché non voleva rovinarsi la sua pettinatura a causa dell'elmetto.

Kido Tatsuhiko si è trasferito a Tokyo per frequentare una scuola d'arte. Nella sua nuova stanza c'è un piccolo foro nel muro. In un primo momento non riesce a vedere nulla, ma una notte attraverso di esso scorge una ragazza... È così che la sua nuova vita ha inizio.