۴ دوست در باغ وحشی در نیویورک زندگی می‌کنند: الکس (شیر)، مارتی (گوره خر)، ملمان (زرافه) و گلوریا (اسب آبی). با گم شدن یکی از آن‌ها بقیه به دنبال او اسیر شده و به طور ناخواسته داخل قفس به آفریقا برگردانده می‌شوند و در همین حین یک اتفاق در دریا آن‌ها را به سمت سواحل ماداگاسکار می‌کشاند. آن‌ها با ورود به دنیای وحش با یک بومی ماداگاسکاری که نوعی میمون است آشنا می‌شوند. سرانجام قهرمان داستان ما با واقعیت‌های مقدر شده طبیعت مواجه می‌شود و…
ماموریت خواهر و برادر کورتز برای یک جزیره مرموز تعیین می شود، که در آن یک دانشمند ژنتیک و مجموعه ای از بچه های جاسوس رقیب روبرو می شوند.