자그마한 여자 요정이 남쪽의 섬나라 로실리카의 정부관리인 클락 넬슨에게 붙잡혀 사람들의 구경거리로 전락한다. 요정은 자신들의 고향인 베이루 섬에 살고 있는 모스라의 알에 텔레파시로 구원을 요청하고 알에서 깨어난 모스라는 거대한 몸집을 이끌고 도쿄로 향한다.
1940년 제2차 세계대전. 나치 무리가 영국을 침공하여 점령하자 영국 시민들은 순순히 협조하는 쪽과 싸우겠다는 쪽으로 나뉘게 됩니다.
미국 태평양 연안의 조용한 어항 노이오는 매년 이맘때쯤 떠들석한 축제가 개최되었다. 그러나 금년은 예년과 다르게 불안한 기운이 감도는데. 축제전에 기분 나쁜 사건이 차례로 발생한다. 원인모르는폭발, 마을 개들의 무참한 죽음등의 상황에서 축제는 진행된다. 축제중에 남녀가 해안에서 갑자기 모습을 감추고, 캠프 중인 아베크족 몇 명이 습격당해 참혹하게 죽음을 당했다. 한편, 행방불명된 사람들의 수색이 시작되었고, 한 사람의 여성이 발견된다. 축제의 분위기는깊어가고, 정체모를 괴물들은 점점 접근해온다.
한 인간의 무한한 욕망과 상상으로 대참사가 빚어진다. 지하의 괴물이 땅바닥을 가르고 나와 가공할만한 힘으로 대도시를 붕괴하며 살육과 파고를 일삼는다. 현대 과학으로 도저히 풀 수 없는 불가사의한 비밀을 캐내기 위해 집념의 사나이가 이 사건에 뛰어드는데...
충격적인 사건으로 인해 기억을 잃은 리사 모건(에이미 헤서웨이)은 어느 날 납치되어 강도 높은 테스트에 맹활약을 펼쳐 전직 특수요원이었던 기억을 찾게된다. 군사 기밀기지에 가게된 리사 모건은 비밀리에 진행되고 있는 위험 천만한 외계인의 생체 실험을 통해 몰랐던 사실을 알게되는데..