Mentre la fine si avvicina inesorabilmente, gli ultimi esseri umani, che vivono milioni di anni nel futuro, inviano un messaggio all'umanità del presente che è sia una richiesta di aiuto che un avvertimento, ma anche un racconto epico di evoluzione, declino e speranza.

Zira (Hunter), Cornelius (McDowall) e Milo, scimmie evolute e democratiche, a bordo di un'astronave del 3955, approdano sulla Terra nel 1970 e cercano di mettere in guardia gli umani sull'orlo di una guerra atomica. Nessuno li ascolta.

Dopo la scomparsa della navicella spaziale del capitano Taylor, gli Stati Uniti mandano un'altra astronave per ripetere il suo percorso. Dei due uomini a bordo uno muore nell'atterraggio di fortuna, l'altro intraprende un viaggio alla ricerca dei tre astronauti che lo hanno preceduto. Incontra Nova che lo porta dagli scimpanzé Cornelius e Zira e da questi apprende che Taylor è l'unico sopravvissuto e che si è incamminato con Nova nella zona proibita. Nova fa tuttavia capire che sono accaduti fatti strani e che in seguito a questi Taylor è scomparso. Brent decide di andare a cercarlo insieme a Nova, ma i due dottori lo mettono in guardia, perché le scimmie stanno per invadere militarmente la zona proibita dove sospettano ci sia una popolazione.

A New Orleans la giovanissima e vergine Irena Gallier incontra suo fratello maggiore Paul, un pastore protestante, mai conosciuto prima perché, dopo la morte dei genitori, entrambi addestratori di animali, lei fu mandata in orfanotrofio. La governante di casa Gallier aiuta Irena a stabilirsi nella casa del fratello, ma questi scompare misteriosamente. In un motel, intanto, una prostituta trova al posto di un cliente una pantera, che la sbrana letteralmente. L'animale viene poi catturato dalla polizia e da una squadra di zoologi: Oliver Yates, Alice Perrin e Joe Creigh.

Un autobus dipinto con la Union Jack corre per le vie di Londra porta le cinque ragazze speziate ad un loro concerto. Le ragazze hanno il tempo di litigare con i giornalisti che vogliono lo scoop e trovano il modo di fare un incontro ravvicinato del terzo tipo con gli alieni.