1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per proteggere il fratello non ancora nato. Poco dopo lo stesso Godzilla emerge dall'acqua ed elimina apparentemente Rodan...

Due astronauti (il giapponese Fuji e l'americano Glenn) si dirigono verso un misterioso Pianeta X scoperto vicino a Giove. Improvvisamente vengono attaccati da King Ghidorah, e vengono salvati dagli alieni chiamati Xiliens. Gli alieni spiegano che sono costretti dalle continue incursioni di King Ghidorah (che loro chiamano Mostro 0) a vivere nel sottosuolo. Per questo chiedono ai terrestri di aiutarli: se loro 'presteranno' agli Xiliens Godzilla (Mostro 1) e Rodan (Mostro 2) per combattere il Mostro 0, gli alieni in cambio consegneranno un'assistenza alla loro scienza medica.

Due ragazzini giapponesi, per puro sbaglio, mettono in moto un'astronave e finiscono nello spazio per assistere alla lotta cruenta tra Godzilla (Guiron) e Gaos. Una strana creatura sembiante una tartaruga di nome Grande King (Gamera) però veglierà sui due fanciulli indifesi.