Alex, o leão, Marty, a zebra, Melman, a girafa e Glória, a hipopótamo regressam ainda mais determinados a voltar a Nova Iorque, enquanto o Rei Juliano, Maurício e os Pinguins anseiam por mais uma fantástica aventura! Nesta jornada que vai levá-los pela Europa, encontram o disfarce perfeito: um circo itinerante, que eles tratam de reinventar ao estilo Madagáscar.

Uma família vê a sua vida ficar virada ao avesso, quando herda um circo decadente e uma misteriosa caixa de biscoitos, com formatos parecidos com macacos, girafas, leões, tigres e ursos, transformando as pessoas que os comam, no respetivo animal. Ao mesmo tempo, vão ter de salvar o circo das mãos do seu malvado tio, Horatio P. Huntington.

Candy (Drew Barrymore), uma estrela de cinema em decadência, apanhada por evasão fiscal, contrata a sua antiga substituta, Paula (também Barrymore), para fazer uma desintoxicação no seu lugar. Uma estranha relação codependente desenvolve-se à medida que Candy percebe que pode usar Paula como substituta para todas as partes menos agradáveis da vida. Mas Paula abraça totalmente a sua nova identidade, roubando a carreira e o namorado de Candy e expulsando a atriz da sua própria casa! Candy tem agora de sobreviver no mundo real, enquanto Paula se agarra à vida de celebridade dos seus sonhos.