Aladdin ist ein gewitzter Straßenjunge, der sich auf den ersten Blick unsterblich in die schöne Prinzessin Yasmin verliebt. Als er in den Besitz der Wunderlampe kommt, auf die es auch der böse Großwesir Jaffar abgesehen hat, verändert sich sein Leben. Der von Aladdin befreite Flaschengeist Dschinni gewährt dem Lausbub nämlich drei Wünsche. Als reicher Prinz gewandet macht er so Yasmin den Hof. Das wiederum beäugt der böse Jaffar mit wachsendem Unmut.

Für den Schauspieler und Stimmenimitator Daniel ist nichts so wichtig auf der Welt wie seine Familie - ohne seine drei Kinder kann und will er keine Sekunde leben. Doch genau diese Welt stürzt zusammen, als ihm seine Ehefrau Miranda eröffnet, daß sie sich scheiden lassen will und die Kinder vom Gericht zugesprochen bekommt. Schon die Vorstellung, seine Kinder nur stundenweise am einzigen Besuchstag des Monats sehen zu dürfen, bringt Daniel schier um den Verstand. Um mit seinen Kindern zusammen sein zu dürfen, ist er bereit, alles, einfach alles zu tun. Nur - gegen den Gerichtsbeschluß kommt man mit Gefühl einfach nicht an. Da schaltet ausgerechnet seine Ex-Frau eine Stellenanzeige für ein Hausmädchen - und aus Daniel wird Euphegenia Doubtfire, die ältliche Gouvernante...

In New York ist eine Bande krimineller Jugendlicher, angeführt von dem japanischen Ninja-Meister Shredder, durch ihre ständig wachsende Mitgliederzahl so einflussreich geworden, dass die Polizei kaum noch Macht über die Lage hat. Die einzigen, die dem Chaos Einhalt gebieten können, sind 4 mutierte Schildkröten, die dank der weisen Ratte Splinter, ebenfalls ein Mutationsprodukt, über hervorragende Ninjitsu-Kenntnisse verfügen. Bei ihren Kampfeinsätzen für das Gute machen die grünen Helden eines Tages sogar persönliche Bekanntschaft mit ihrem größten Schwarm, der Reporterin April O’Neil. Diese lang ersehnte Erfahrung bringt leider auch einen schweren Schlag mit sich: Ihre Gegenspieler haben ihr Versteck in der Kanalisation ausfindig gemacht und Splinter entführt...

Die Turtles dachten, ihren Erzfeind Shredder ein für alle Mal vernichtet zu haben. Falsch gedacht: Der Schurke erfreut sich nämlich bester Gesundheit und ist drauf und dran, die „Foot Gang“ neu aufzubauen. Um Rache an seinen verhassten Widersachern zu nehmen, erschafft er außerdem mithilfe des geheimnisvollen Ooze, das auch einst die Turtles hervorbrachte, 2 andere Mutanten, gegen die das Schildkröten-Quartett praktisch chancenlos ist. Die einzige Hoffnung, dieser Übermacht noch bei zu kommen, liegt in dem Wissenschaftler Jordan Perry, der sich zur Zeit aber selber in Shredders Gewalt befindet...

Nach ihrem endgültigen Sieg über den bösen Schredder haben sich die vier Ninja-Kampfschildkröten mit ihrem Meister Splinter abermals in der heimischen New Yorker Metro zurückgezogen. Dort trainieren sie tagein, tagaus ihre Kampfsportübungen und gehen vor Langerweile beinahe zugrunde. Umso mehr freuen sie sich, als ihre Freundin April zu Besuch kommt und ein antikes Zepter aus dem feudalen Japan mitbringt. Eigentlich als Geschenk gedacht, entpuppt sich das Utensil schnell als ein Zeitreiseapparat, der April zurück ins Japan des 17. Jahrhunderts befördert und an ihrer Stelle einen japanischen Feudalherren nach New York transportiert. Die vier Jungs zögern natürlich nicht lange und reisen ebenfalls durch die Zeit, um April zu retten. Auf die zum Tausch in New York gelandeten Japaner müssen derweil Splinter und ihr guter Freund Casey Jones aufpassen...