I en verden der ingenting er hva det ser ut til å være, møtes en illusjonist og en politiinspektør i en kamp for å avgjøre hvor virkeligheten slutter og magien begynner... mens linjene mellom makt og korrupsjon, kjærlighet og hengivenhet, vaktsomhet og mani, og liv og død, blir stadig mer uklare.
Hellboy stod opp av flammene fra Helvete under den andre verdenskrig og ble brakt til denne verden av den onde og gale Grigori Rasputin. Hellboys skjebne ble forutbestemt til å være en forkynner av apokalypsen og å begå ondskap, men slik gikk det ikke. Han ble reddet av allierte styrker ledet av Professor Broom, grunnleggeren av den hemmelige organisasjonen B.P.R.D - ”Byrå for overnaturlig forsking og vitenskap”. Under Brooms vinger videreutvikler Hellboy sine ekstraordinære og overnaturlige evner. Til tross for hans forutbestemte ondskap, blir han selve symbolet på det gode. En viktig kraft i kampen mot de onde kreftene, som stadig truer med å nedkjempe vår verden.
Året er 1850. Territoriet California søker om å bli den 31. staten i den amerikanske unionen, men visse skruppelløse individer, medlemmer av en mystisk middelaldersk organisasjon, er innstilt på å forhindre dette. Nok en gang må den maskerte helten Zorro hjelpe Californias folk slik at de kan bli innbyggere i Amerikas forente stater.
I løpet av de fem årene Superman lette etter sin hjemplanet, endret ting seg på hans adoptivplanet. Nasjoner fortsatte uten ham. Lois Lane har nå fått en sønn, en forlovede og en Pulitzer-pris for ”Why the World Doesn’t Need Superman.” Og Lex Luthor har en plan som vil ødelegge millioner av menneskeliv.