해적선 메가파우나를 타고 지트단을 쫓는 베를리 제남일행. 그 사이 캐피털 아미, 아멜리아군, 돌렛 함대가 카시바 미코시 부근에서 치열한 전투를 벌이면서 지구권의 전황은 완전히 달라지고 있었다.전쟁이 낳는 비극과 증오를 없애려는 베를리지만 캐피털 아미와 지트단의 공투, 아멜리아군과 돌렛함대의 연대에 의해 우주전함마저 격침하는 파괴력을 자랑하는 모빌슈트군이 차례로 전장에 투입되고 이윽고 싸움의 장소는 대기권 안으로 옮겨가는데…

나루토와 사스케가 인연의 대결을 결판 지었던 2년 후 아직 전하지 못한 마음, 그 숨겨온 마음의 행방은…? 전쟁이 끝나고 평화로운 나뭇잎 마을. 나루토는 이제 전쟁 영웅이 되어 마을의 인기를 한 몸에 받는 인기남이 되어 있다. 그런 나루토를 바라보는 히나타는 자신의 마음을 전하기 위해 남몰래 짠 목도리를 나루토에게 전하고 싶지만 아직 전하지 못하고 있다. 그때 갑자기 의문의 남자가 나타나고, 그는 “너희는 곧 멸망할 운명이다. 그 전에 히나타, 널 꼭 맞이하러 오지.”라는 기묘한 말을 남긴 채 사라진다.  육도선인의 동생은 달에 쫓겨가 살고 있는데 그의 후손인 오오츠키 토네루는 권력 암투와 대결에 집중하는 지구를 보고 육도선인의 지구는 이미 실패했다고 생각한다. 이제 토네루는 달과 지구를 충돌시켜 지구를 폭파하려고 하는데… 의문의 남자 정체는 차크라의 시초이자 과거에 나루토, 사스케와 사투를 벌였던 오츠츠키 카구야의 후손. 괴뢰군을 거느린 토네리가 나타나 압도적인 힘으로 나루토 일행을 물리치고, 히나타는 결국 그의 손에 넘어간다. 그 무렵 지상에서는 쏟아지는 운석을 막는 장렬한 방어전이 한계에 다다르고 있다. 마침내 드러난 ‘진정한 최종 계획’이란?! 다가오는 지구 최후의 날, 저마다 굽힐 수 없는 마음이 시간을 초월하여 격돌한다!

를르슈는 나이트 오브 세븐이 된 스자쿠와의 약속을 지키기 위해 어린 시절 그와 함께 지냈던 집을 찾아간다. 그러나 갑자기 나타난 브리타니아 군이 무방비 상태의 를르슈를 붙잡는다.

십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데. 시간은 흘러, 죽은 줄로 알고 있던 멤버까지 합세해 아카츠키가 나뭇잎 마을을 습격한다. 그런데 이상하게도 아카츠키는 별다른 반격도 없이 물러난다. 사투를 끝낸 나루토는 갑자기 나뭇잎 마을에 모습을 드러낸 가면 남자로부터 습격을 받는다. 사쿠라와 나루토는 가면 남자의 동술에 당해 정신을 잃게 된다. 그런데 눈을 뜬 두 사람 앞에 펼쳐진 나뭇잎 마을이 평소와 다르다는 것을 깨닫는다. 카카시나, 츠나데, 제7반의 멤버, 언제나 함께한 동료들이 마치 다른 사람인 것처럼 변해 있는 것이 아닌가. 게다가 사스케까지 마을에 돌아와 있다. 더 놀라운 것은 죽은 나루토의 부모 미나토와 쿠시나가 살아 있는 것!! 도대체 무슨 일이 일어 난 걸까? 갑자기 눈앞의 현실이 변해버리고 만 것에 대해 당혹해 하는 나루토와 사쿠라. 하지만 나루토는 부모와 만날 수 있게 되었다는 기쁨을 감출 수가 없다. 한편, 이 세계는 또 한번 가면 남자에 의해 존망의 위기를 맞게 된다. 구미의 힘을 노리는 가면 남자. 또 한번 나뭇잎 마을에 멸망의 위기가 찾아오게 되는데…과연, 나루토는 가면 남자로부터 세계를 지켜낼 수 있을까?

극한의 혼돈을 초래하려는 무자비한 괴물들의 침공. 다른 우주에서 나타난 괴물들을 막기 위해 마법의 능력을 지닌 닌자거북이들이 활약에 나선다.

정체 모를 누군가에게 어머니가 살해당한 후 ‘신성 브리타니아 제국’에서 쫓겨난 황태자 를르슈. 그는 신성 브리타니아 제국에 점령 당한 일본 - 에어리어 11에서 그 정체를 숨기면서 살고 있다. 어머니를 죽게 하고, 여동생 나나리의 눈과 다리의 자유를 빼앗은 신성 브리타니아 제국이 전복되면서 수수께끼의 미소녀 C.C.가 나타나고, 를르슈는 그 야망을 실현하기 위해 움직인다.

황력 2010년, 극동사변이 발발함으로써 패전국인 일본은 신성 브리타니아 제국의 속령이 되어 에어리어 11로 불리게 된다. 그로부터 7년 후, 브리타니아의 지배에 맞서는 저항 세력인 흑의 기사단이 결성, 흑의 기사단은 수많은 레지스탕스를 흡수하며 규모를 키워나간다. 한편, 일본 총리의 아들인 쿠루루기 스자쿠는 브리타니아의 황녀 유페미아 리 브리타니아의 기사가 되었는데....

소호쿠 고교 입학으로 자전거 로드레이스와 만나, 그 세계에 발을 담그게 된 오타쿠 소년, 오노다 사카미치. 이마이즈미 슌스케와 나루코 쇼키치 등의 팀메이트와 각축을 벌이며 성장한 그는 소호쿠 자전거 경기부의 전국대회 멤버로 뽑히게 된다. 영광을 원하는 전국의 강호가 모두 모이는 가혹한 레이스가 시작되었다. 자신의 긍지를 위해 달리는 자. 라이벌을 넘기 위해 달리는 자. '승리'만을 원하여 모든 것을 깎아내며 달리는 자. 과거의 복수에 불타오르는 자. 그리고 팀을 위해서 마음을 싣고 달리는 자. 전국체전 종합우승의 골 라인에 최초로 도착하는 것은 어떤 선수, 어떤 팀인가..

자원이 고갈된 지구를 구하는 에너지인 '포톤 배터리'. 지구에서는 제조할 수 없는 에너지 장치의 공급원으로 향하기 위해 지구권을 떠난 베를리 제남, 아이다 술간 등이 승함하는 메가파우나는 마침내 목적지인 금성 주역에 있는 비너스 그로브에 도달한다.지구로의 귀환=레콩기스타 작전을 목표로 하는 지트단과의 싸움을 거쳐, 아이다는, 「포톤·배터리」의 생산과 공급을 독점하고 있는 단체 「헤르메스 재단」의 라·구 총재와의 회담의 기회를 얻는데….