עם חזרתו של הארי לשנה השלישית בהוגוורטס, הוא מגלה שאסיר מסוכן בשם סיריוס בלק שחרר את עצמו מבית הכלא למכשפים, ועושה את דרכו לבית הספר כדי לפגוע בו. נוסף על כך, הסוהרסנים, יצורים איומים ששומרים על בית הכלא אזקבאן מגיעים להוגוורטס על מנת לתפוס את בלק המסוכן, אך משפיעים לרעה על הארי עצמו, שנאלץ ללמוד להגן על עצמו ודרך כך גם להתחבר לעברו.
תחרות בין בתי הספר לקוסמים תופסת את הארי בהפתעה, כשהוא מגלה שעל אף שלא נרשם, הוא עלה בפור. כעת הוא נאלץ להתחרות ולעמוד באתגרים המסוכנים, תוך ניסיון לפענח מי הכניס אותו לטורניר ומדוע.
לאחר שבילה קיץ משמים בבית דודו ודודתו, מתגעגע הארי לשוב להוגוורטס. אלא שאז מופיע בחדרו שדון מסתורי בשם דובי, המזהיר אותו מסכנות האורבות לו עם פתיחת שנת הלימודים השנייה. כשהלימודים נפתחים, מסר מיסתורי ומאיים מופיע על קירות בית הספר הוגוורטס, שגורם להארי, רון והרמיוני לצאת למסע להרפתקאה מסוכנת.
לאחר המפגש פנים אל פנים מול וולדרמורט בסרט הקודם, הארי מגלה כי שר הקסמים נוקט במדיניות של הכחשה, והארי וכל תומכיו הופכים למוקצים. בתגובה, מנהל בית הספר דמבלדור שנושל גם הוא ממרבית מסמכויותיו, מחליט להקים מחדש את "מסדר עוף החול" על מנת לפעול נגד וולדמורט.
מלחמה עקובה מדם פורצת בין "אוכלי המוות" המרושעים - חסידיו "טהורי הדם" של וולדרמוט ששונאים "מוגלגים" ו-"בוצדמים" לבין הקוסמים הטובים שלא מוכנים לתת למנוולים להגשים את תוכניתו של וולדמורט - לשלוט בעולם כולו ולהפוך את כולנו המוגלגלים לעבדים של הקוסמים. כשהארי חוזר להוגוורטס הוא מגלה ספר מיסתורי של "הנסיך חצוי הדם" שהופך אותו לילד המצטיין בשיעור השיקויים. דמבלדור מכין להארי שיעורים פרטיים, כשבכל שיעור דמבלדור יראה להארי זכרון על עברו של אויבו הנצחי לפני שהפך ללורד וולדמורט, טום ואנדרולו רידל. הארי יוצא למסע לחיפוש והשמדת ההורקרוקסים של וולדמורט.
סרט פורץ דרך המשלב בין אנימציה לצילום רגיל, מגולל את סיפורו של אדי וליאנט, בלש פרטי שמאס בעולם המצוירים עליו פעם הגן, לאחר שאחיו נרצח בידי דמות מצוירת. כאשר מפיק חשוב נרצח והחשד נופל על רוג'ר הארנב, אדי מתחיל לחקור את הפרשיה בעל כורחו ונכנס שנית לעולם המוזר של המצוירים ממנו ניסה להימנע כל השנים.
המנצח לאופולד סטוקובסקי הושיב את תזמורת פילדלפיה לנגן כמה מהקלאסיקות המוזיקליות המוכרות ביותר, והאנימטורים של דיסני התחילו להרביץ כמיטב הדמיון ובטכניקולור חדשני לזמנו. "שוליית הקוסם" מציג את מיקי מאוס בניסיון ראוותני יתר על המידה להוכיח את כישורי הכישוף שלו. "פולחן האביב" הוקדש לאבולוציה ולהיכחדותם של הדינוזאורים. "ריקוד השעות" הוא מחול של בעלי חיים גדולים במיוחד. "לילה על הר קירח" ו"אווה מריה" מציגים צדדים אפלים של החיים, וגם של האנימטורים עצמם. קסום בכל גיל ובכל סיבוב צפייה מחדש.
משפחה ברוכת ילדים יוצאת לחופש אך שוכחת את קווין, הבן הצעיר, כיוון שהוענש יום לפני ונשלח לישון לבדו בעליית הגג. רק באמצע הטיסה מבינה האמא את טעותה המרה, ומנסה נואשות לחזור לביתה. בד בבד קווין הקטן מבין את מר גורלו, ומשכנע את עצמו שהוא זה שהעלים את המשפחה שלו במשאלותיו. הוא גם לומד להסתדר לבד בבית, עד שמגיעים לאזור שני שודדים, אשר מאימים על השלווה.
כל מה שראלפי הקטן רוצה לכריסטמס זה רובה צייד משוכלל. אבל אמא שלו אומרת לו שהוא יירה לעצמו בעין, והמורה שלו נותנת לו "טוב" בחיבור על מה הוא רוצה לחג וכותבת לו: "אתה תירה לעצמך בעין", ואפילו סנטה קלאוס בכבודו ובעצמו אומר לו בחביבות: "..." (טוב, אתם יודעים). האם נכונה לו הפתעה בסופו של דבר, או שמא ילמד שאקדחים זה מסוכן?
משום מה, בפעם השנייה ברציפות, משפחת מק'קאליסטר יוצאת לחופשה בפלורידה, ושוב קווין נשאר מאחור, ובסופו של דבר מגיע לעיר ניו-יורק. משופשף בענייני עצמאות, קווין ניגש למלון יוקרתי בלוויית כרטיס האשראי של אביו, ומנסה להנות מהחיים. הבעיה היא, ששני השודדים מהסרט הקודם השתחררו בינתים מהכלא ומתכננים שוד נועז בחנות הצעצועים הגדולה ביותר בניו-יורק, בערב חג המולד! קווין הפרחח, שמכיר את השיטות של השניים, יוצא לעצור אותם ויהי מה.