Apocalypto on suuren Maya-kulttuurin viimeisiin päiviin sijoittuva myyttinen toimintaseikkailu yhden miehen vaarallisesta matkasta pelon ja sorron valtakuntaan. Rakkauden siivittämänä hän uhmaa kohtaloaan ja yrittää pelastaa perheensä ja oman kulttuurinsa.
Viisi vuotta Yhdysvaltain sisällissodan päättymisen jälkeen kolmen sodan veteraani, kapteeni Jefferson Kyle Kidd kiertää kaupungista toiseen ja ansaitsee elantonsa lukemalla sanomalehdistä uutisia lukutaidottomille. Hän valikoi kertomansa uutiset tilanteen sekä paikan mukaan: värikkäitä tarinoita presidenteistä ja kruunupäistä, repivistä riidoista, karmeista katastrofeista ja suurista seikkailuista. Teksasin preerialla hän tapaa 10-vuotiaan Johannan, joka on kasvanut kiowa-heimon parissa viimeiset kuusi vuotta. Nyt vastentahtoista Johannaa ollaan palauttamassa verisukulaistensa pariin maailmaan, joka näyttäytyy hänelle vieraana ja vihamielisenä. Kidd suostuu viemään tytön laillisten huoltajensa huomaan. Satojen kilometrien erämaavaelluksen aikana kaksikko kohtaa sekä ihmisten että luonnon armottomuuden etsiessään paikkaa, jota voisivat kutsua kodiksi.
Yksinäinen ratsastaja Hondo Lane (John Wayne) suojelee syrjässä asustavaa itsepäistä naismaanviljelijää Angie Lowea (Geraldine Page), joka ei intiaanien uhkaavista varoituksista huolimatta suostu poistumaan kotitilaltaan. Hondosta tulee myös eräänlainen isähahmo Angien nuorelle pojalle Johnnylle (Lee Aaker).
Elokuvassa Nuoret Sankarit heitä oli kuusi. Vain kolme heistä selvisi: Billy the Kid (Emilio Estevez), Doc (Kiefer Sutherland) ja Chavez (Lou Diamond Phillips). Mutta vahvat voimat haluavat vieläkin tuhota Billy the Kidin ja hänen pelottomat toverinsa. Kolmikko koetetaan saada hajotettua keinoja kaihtamatta. Valheiden, petoksen ja lahjonnan avulla he saavat puolelleen Pat Garretin (William Petersen), Billyn parhaan ystävän. Vanhan toverinsa jahtaamana Billy the Kid ratsastaa miehineen kohti Meksikoa ja kohtaloa.
Toisen maailmansodan aikana Saipanin saarella käydään verinen taistelu, jossa kersantti Joe Endersin tehtävänä on suojella Ben Yahzeeta. Tämä on Navajoa - ainoaa koodia jota vihollinen ei ole onnistunut murtamaan - puhuva nuori koodinlähettäjä. Jos Yahzee - johon Joe vähitellen ystävystyy - joutuu Japanilaisten käsiin on Endersin päätettävä miten pitkälle hän on valmis menemään pelastaakseen sotavoimiensa suurimman salaisuuden.