Shrek, un orco dal cuore d'oro, insieme al suo "destriero" Ciuchino cerca di tornare in possesso della sua palude, ora occupata dai personaggi delle fiabe, i quali sono stati imprigionati dal perfido Lord Farquaad, tiranno della terra di Duloc. L'orco e l'inseparabile asinello devono inoltre darsi da fare per liberare una principessa sottoposta a un sortilegio e tenuta prigioniera in un castello sorvegliato da un drago.

Una versione eroica di Lex Luthor, proveniente da un universo parallelo, compare per reclutare la Justice League e farsi aiutare a salvare la sua Terra dal Sindacato del crimine, controparte malvagia del gruppo. Ciò che ne deriva è la battaglia finale del bene contro il male in una guerra che minaccia entrambi i pianeti e che, attraverso un piano subdolo lanciato dalla controparte di Batman Owlman, mette in pericolo l'equilibrio di tutta l'esistenza.