U drevno doba Kina je bila podijeljena na sedam kraljevstva. Qin (Daoming Chen), kralj zapadne pokrajine u stalnoj je opasnosti od pokušaja atentata. Kralju Qinu najviše problema stvaraju ratnici kojih se i najviše boji. Slomljeni Mač (Tony Leung Chiu Wai), Leteći Snijeg (Maggie Cheung) i Nebo (Donnie Yen) su tri ratnika koje kod kralja Qina izazivaju strah. Jednoga dana, jedan od mirovnih sudaca ulazi u palaču tvrdeći da je porazio sva tri kraljeva neprijatelja. Počinje priču koju svi slušaju bez daha te kaže kako je pobijedio Nebo u dvoboju te je iskoristio ljubav između Letećeg Snijega i Slomljenog Mača kako bi ih porazio.
Wong Fei-Hung nestašni je sin učitelja borilačkih vještina, ali nakon niza incidenta njegov frustrirani otac pošalje Fei-Hunga svom sadističkom ujaku da poduči sina samodisciplini – i bizarnom stilu kungfua.
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja. Zionom, posljednjim uporištem ljudskog otpora strojevima smještenom duboko pod površinom Zemlje, vlada vijeće kancelara među kojima u Nea najviše vjeruje iskusni Hamann. Prilikom još jednog razgovora s Oracle, tijekom kojeg posumnja da je i ona dio Matrice, Neo dozna da što prije mora pronaći Ključara, čovjeka uz čiju pomoć bi mogao doprijeti do samog Arhitekta, stvoritelja Matrice. No da bi pronašao Ključara, Neo se mora susresti s podlim Merovingianom, šefom podzemlja i ljubavnikom lijepe Persephone...
Cheng Chao-an (B. Lee) mladi je Kinez iz Guangdonga kojemu ujak nađe posao u tvornici leda na Tajlandu gdje radi s brojnim rođacima. Cheng oko vrata nosi majčinu ogrlicu koja ga podsjeća na obećanje da se nikada neće tući. I doista, Cheng izbjegava nasilje i popušta čak i kad je izazvan. Jednom zgodom u tvornici se odlomi veliki komad leda iz kojega ispadne vrećica s bijelim prahom. Dvojicu Chengovih rođaka koji su to pronašli zadrži poslije posla predradnik (C. Chen) i ponudi im, u zamjenu za šutnju, bolji posao. Oni odbiju i kriminalci ih ubiju i zalede. Šef bande - "veliki gazda" - Hsiao Mi (Y. Chieh Han) pokušava zataškati ubojstva, ali Cheng i njegovi preostali rođaci postaju sumnjičavi.
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra, otac djevojčice Sati, i zagonetni Skretničar, Morpheus, Trinity i Dječak suprotstavljaju se zlom Merovingianu. Kad se vrati među žive, Neo shvati da se mora vratiti izvoru i spoznati sama sebe, jer agent Smith svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji. O ishodu njihova sukoba ovisi budućnost čovječanstva i pobjeda nad Matricom. U međuvremenu, strojevi se približavaju Zionu, a u obrani kolonije sudjeluje i odvažna Zee, supruga Neova suborca Linka. Istodobno, izdajnik Bane ubojstvom liječnice pokaže svoje pravo lice...