Други део наставља причу претходника о бившој професионалној убици знаној под надимком Невеста (Ума Турман) која наставља свој крвави осветнички поход на Била (Дејвид Карадин), бившег шефа који ју је оставио да умре након што је организовао масакр на њеном венчању. У првом филму Млада се већ обрачунала са бившим колегама из ВИПЕР-а (Вивика А. Фокс, Луси Лу), а у овом делу јој још само двоје људи стоји на путу до коначне мете – Била!
Смарагдна лисица убила је његовог учитеља и он се враћа кући како би му одао почаст, а нада се и да ће наћи толико жељени унутрашњи мир. Зато свој 400 година стар магични мач "Зелену судбину" жели да препусти Сир Теу, старом пријатељу и ментору. Задатак да Теу однесе мач поверава Yу Шу Лиен, девојци која је такође вична борилачким вештинама и у коју је потајно већ дуго заљубљен. Нашавши се у Теовој палати, мач убрзо бива украден. Осумњичена је Смарагдна лисица. Не видећи други начин да поврати вредни мач, Ли Му Баи се и сам укључује у потрагу за изгубљеним благом. Испоставља се да крадљивац није Лисица, већ да иза свега стоји млада племкиња Јен. Она је присиљена да ступи у нежељени брак, док јој срце чезне за младим Ло Хисао Хуом, пустињским разбојником који је једном напао њен караван. Она је добро упозната с тајнама борилачких вештина, а убрзо ће се испоставити и да је ученица опасне Смарагдне лисице.
Шест месеци након догађаја приказаних у Матриксу, Нео се показао као добар знак за слободне људе, јер се све више људи ослобађа од матрикса и одводи на Зион, једно и једино упориште Отпора. Нео је сам открио своје супермоћи, укључујући супер брзину, способност да види кодове делова унутар матрице и одређени степен самоспознаје. Али гадна вест погађа људски отпор: 250.000 сензора машина копа за Зиона и достићи ће их за 72 сата. Како се Зион припрема за коначни рат, Оракл саветује Неа, Морфеуса и Тринити, да пронађу израђивача кључева који ће им помоћи да дођу до извора. У међувремену, Неов понављајући сан који приказује Тринитину смрт га забрињава и као да то није довољно, агент Смит је некако избегао брисање, постао је моћнији него раније и одабрао Неа као његову следећу мету.