Leo, Ralph, Mikey og Donnie har alltid vært skjermet fra menneskeverdenen. Med håp om å vinne hjertene til resten av byen, og å endelig bli akseptert som vanlige tenåringer, begir skilpaddebrødrene seg ut på et heroisk eventyr. Deres nye menneskevenn, April O'Neill, bistår i jakten på et mystisk kriminalnetteverk, men når de plutselig står overfor en hel hær av mutanter, oppdager guttene at de kanskje har tatt på seg mer enn de kan håndtere.

Akkurat når du trodde at Phineas og Ferb hadde gjort alt (inkludert å vinne en Emmy), tar de sine eventyr til en helt ny dimensjon i sin første langfilm – Phineas og Ferb i den 2. Dimensjon. Når Phineas, Ferb og Perry følger etter Dr. Doofenshmirtz gjennom hans ”Andre-dimensjonator”, havner de i et alternativt univers hvor en genuint ondskapsfull Dr. Doof hersker over sitt Trestatsområde, med hjelp av en hensynsløs robotarmé. For å redde sine venner må Perry gi opp sin hemmelige identitet og avsløre at det er han som er Agent P. En episk kamp begynner, mens våre helter prøver å redde sitt hjem unna klørne til den ondskapsfulle Dr. Doof. Vil Dr. Doof oppnå doble verdensmakter? Vil Candace endelig avsløre brødrene sine? Svarene finnes i dette actionfylte eventyret – så svært at det krysser tid og rom.

De fire kompisene Leonardo, Donatello, Michelangelo og Raphael støter på nye problemer når en vitenskapsmann i ledtog med Shredder begynner å lage flere mutanter og slipper dem løs i New York. Samtidig invaderer den utenomjordiske skapningen Krang byen. Sammen med sine sine allierte, April O'Neil, Vern Fenwick og Casey Jones, må ninjaskilpaddene sette en stopper for truslene før de kommer helt ut av kontroll.