Tenk deg at virkeligheten er en drøm - denne tanken forfølger Thomas Anderson (Keanu Reeves). Thomas lever et dobbeltliv. Om dagen er han ansatt i et stort datafirma, om natten er han hackeren Neo, en langer av virtuelle fantasier. Etter en arbeidsøkt i den digitale gråsonen våkner Neo av at noen kontakter ham via dataskjermen. Like etter blir Neo arrestert. Agent Smith ser på den unge dataeksperten som en trussel, og Neo blir enda mer forvirret. Først når han treffer Morpheus (Laurence Fishburne), begynner bildet å bli skapt. Morpheus forklarer Neo hvilken rolle han må spille for å bekjempe "Matrix" - et altomfattende fenomen som angår hele verdens befolkning. Sannheten er mer utspekulert enn noen kan fatte.
"Bruden" fortsetter ubevisst på ditt enorme raseri av hevn mot gjengen av mordere som hadde forsøkt å drepe henne og hennes ufødte barn. Hun finner igjen sine tidligere kollegaer, en etter en, krysser av ofrene på hennes "Dødsliste På Fem" til det ikke er flere igjen å drepe...utenom Bill.
I nær fremtid har kriminaliteten økt med 400 % og hele Manhattan har blitt omgjort til en fengselsøy omgitt av skyhøye vegger. Regelen er enkel: den som er låst inne her, blir aldri sluppet ut igjen. Men etter at den amerikanske presidenten krasjlandet på øya, måtte noen inn i det dødelige området for å finne ham. Oppdraget går til en ny fange, tidligere soldat Snake Plissken. Hvis han lykkes, blir han belønnet med sin frihet. Hvis han mislykkes, vil den eksplosive ladningen implantert i kroppen hans bli utløst. Han har nøyaktig 24 timer...
Neo og lederne av den menneskelige motstanden oppdager at Sentinels holder på å grave vei mot Sion. De beregner at de kanskje bare har 72 timer til angrepet må ta plass, og Neo må derfor returnere tilbake til the Matrix og finne nøkkellageren slik at de kan få tilgang til hovedmaskinen for å sikre menneskelig overlevelse.
Neo. Trinity. Morpheus. De og andre helter står på randen til seier eller tilintetgjørelse i den episke krigen mot maskinene i det overveldende siste kapittelet av Matrix-trilogien. For Neo betyr det å reise dit intet menneske har våget seg – inn i hjertet av Machine City og inn i en verdensomveltende konfrontasjon med det mange ganger sterkere forræderprogrammet Smith.