צוותים של אנשים שהלכו לעולמם לא מזמן, הושבו לתחייה וצוידו בכלי נשק מתקדמים, חייבים לשתף פעולה כדי להביס צבא של מפלצות בטוקיו ובאוסקה.
ב-5 אומות הנינג'ה הגדולות ביותר שבן נמצאים כפרי הנינג'ות הגדולים ביותר שהם כפר הענן הנסתר, כפר הערפל הנסתר, כפר החול הנסתר וכפר הסלע הנסתר נעלמים שינובים בעלי קקאי גנקאי, והמדינות מאשימות בכך את קונוהא, ומלחמת עולם רביעית עומדת להתפרץ. אבל מסתבר שהאשם האמיתי הוא הירוקו, שינובי עריק וחבר לשעבר של 3 הסאנינים האגדיים, שבוכה שהוא לא מיוחד ולא חזק כמוהם. אז הוא פיתח טכניקה שמאפשרת לו לגנוב יכולות תורשתיות וצ'אקרה מאחרים, וביחד עם שלושת אנשיו, הוא מחליט לגנוב את הקקאי גנקאי מרחבי כל העולם כדי להפוך לבן אלמוות בלתי מנוצח, לפתוח במלחמת עולם ולכבוש את העולם, כעת חסר לו רק טכניקה תורשתית אחת אחרונה, הירוקו מודע איזו טכניקה הוא רוצה לקחת ונארוטו ימנע בכל מחיר, אפילו להפר את פקודות הכפר!
חמשת הילדים הנבחרים מגיעים לאי עתיק הנודד ברחבי העולם הדיגיטלי. על האי הזה חיים שני סוגים של דיג'ימונים: דיג'ימונים מסוג אדם ודיג'ימונים מסוג חיה שלא מפסיקים להלחם בניהם. הילדים פוגשים על האי את קוטמון וברמון, שני דיג'ימונים שפיתחו קשר חברות בניהם, למרות שאחד מהם אדם והשני חיה. אחרי שרואים את החברות שיש בין שני הדיג'ימונים, מחליטים הילדים לנסות ולעצור את המלחמה המתמשכת שמתרחשת על האי.
טאקאטו יוצא לחופשה באוקינאווה כדי לפגוש את בן דודו אותו לא ראה הרבה זמן, קאי. בינתיים בכל יפן מתחילה התוכנה הפופולרית, הוי-פט, לעשות צרות בכל מערכות המחשבים במדינה. טאקאטו וקאי פוגשים את הבת של ממציא הוי-פטים, וביחד עם רוקי וג'ן הם כעת צריכים למצוא פיתרון להתקפת הוירוסים.
לפני כאלף שנים, פרצה מלחמה אכזרית בין שני עמים ואיימה להחריב את העולם שהכרנו עד כה. המלחמה לקחה מקום למרגלות עץ ההתחלה, והיוותה איום לגורל האנושות כולה. אחד מאבירי הממלכה, סר ארון, שהיה בין היתר מאמנו של הפוקימון המסתורי – לוקאריו, לקח את ההחלטה לשים סוף למלחמה. הוא נעל את לוקריו במטה העתיק, הלך לעץ החיים והקריב את חייו על מנת להפסיק את המלחמה המרה ואת ההשלכות ההרסניות שלה. וכך חזר המצב לקדמותו וכולם חיו בשלום עד עצם היום הזה. כיום, אש קאצ׳ם וחבריו לוקחים חלק בנשף התחפושות בארמון המלכה. במהלך הטקס הם משחררים באופן בלתי צפוי את לוקאריו מתנומתו רבת השנים. יחד, אש, לוקאריו ושאר החברים, מנסים להגיע לעץ ההתחלה שנמצא בסכנה קיומית והם מחליטים לנסות להציל אותו. על הדרך הם לומדים מה באמת קרה לפני כל אותם שנים בקרב האדיר, וגם לומדים שיעור בחברות.
חצי שנה לאחר אירועי הסדרה, טאקאטו והאחרים מנסים לארגן מסיבת הפתעה לכבוד היום הולדת של רוקי. רוקי מגלה את העניין ולא מרוצה ממנו בכלל, אך בדרך חזרה הביתה עובר בתחנה בה היא נמצאת דיג'ימון רכבת שיצא משליטה - לוקומון. רוקי, טאקאטו, ג'נלינג והאחרים יוצאים כדי להחזיר את לוקומון לעולם הדיגיטלי ולהחזיר את השלום לעולם האמיתי.
מטאוריט נופל עושה את דרכו לכיוון כדור הארץ, נכנס לאטמוספירה של כוכב הלכת ארץ ונוחת באיזור נידח. ריאוקוזה, שמתפקד על תקן שומר כדור הארץ, מבחין בשינוי הכוחות וישר ניגש לתקוף את החפץ הזר שמתגלה להיות דיאוקסיס, פוקימון חוצן. לאחר קרב ענקים, ריאוקוזה משמיד את דיאוקסיס ומחזיר את השקט לאדמה. ארבע שנים לאחר מכן אש וחבריו מגיעים לעיר לארוס ומתיידדים עם נער בשם טורי. טורי הוא בן של מדענים שמצליחים להחזיר את דיאוקסיס לחיים. אבל דבר זה שוב מעיר את ריאוקוזה, שמוכן להחזיר את השקט לאיזור בכל מחיר אפשרי. קרב ענקים נערך בין הפוקימונים האגדיים ואש והחבורה נקלעים באמצע כל המהומה. בנוסף לכך, העיר לארוס, שנבנתה על טכנולוגיה ורובוטי הגנה, מתחילה להפוך למקום מסוכן כאשר הרובוטים משיגים מחשבה משל עצמם, וזה תפקידו של אש קאטשם להחזיר את המצב לקדמותו.
גיבורי הטייני טון מסיימים את הלוניברסיטה ויוצאים לחופשת הקיץ שלהם. באסטר ובאבי מנהלים קרב אקדחי מים אשר גרם להצפתו של "עמק אקמי". פלאקי דאק מצטרף לשמנתון החזיר ולמשפחתו לנסיעה ללונה פארק בשם "העולם השמח". בינתיים, מירה השתגעה כי היא איבדה את החתול שלה פרווני. פיפי לה-פיום בזבזה את זמנה עם השחקן ג'וני פיו, אשר לא מעוניין בפיפי. תרנקול ושירלי דה-לון ראו את הסרט "בואשופוביה".
אש קאטשם והחבורה מגיעים לקניון שכוח אל על מנת לצפות בכוכב השביט מילניום, שאמור לזרוח בכל אלף שנים למשך 7 ימים. במהלך השבוע הזה, הפוקימון האגדי – ג'יראצ'י, יוצא מתנומתו רבת השנים, ואוגר את האנרגיה שטמונה בכוכב השביט ומשחרר אותה לאדמה. אך כוחות נוספים פועלים באיזור, ובאטלר, מנהל הקרקס המקומי ומדען בצוות מגמה לשעבר, מתכוון לרתום את האנרגיה של כוכב השביט על מנת להעיר את הפוקימון האגדי – גראודון. בהתחלה באטלר מצליח במזימתו, אך מה שהוא מצליח ליצור זהו גראודון מזויף שאוגר את האנרגיה מכל הדברים שסובבים אותו, וזה כולל בין היתר את בת זוגו של באטלר. רק אז הוא מבין את חומרת העניין. אש קאטשם חובר אל ג'יראצ'י וביחד הם מצילים את המצב.
כשדיג'ימון מרושע בשם ארגומון מגיע לעולם האמיתי ומכניס את כל בני האדם לתרדמה נצחית, יוצאים אגומון, לאלאמון וגאומון לעצור אותו. בדרך הם פוגשים את ריזם, ילדת דיג'ימון מיסתורית שיודעת על תוכניתו של ארגומון ועצובה על חוסר היכולת שלה לעצור אותו.