Λέγοντας "ναι" στην πρόσκληση ενός μυστήριου εκπαιδευτή, ο Ας, η Μίστι κι ο Μπροκ γνωρίζουν το Μιούτου, ένα κατασκευασμένο Πόκεμον που θέλει να δώσει μάχες.
Στο μακρινό μέλλον, μέσα σε μια αχανή, αυτοαντιγραφόμενη πόλη που έχει την τάση να εξαλείφει όλη τη ζωή, ο μυστηριώδης οδοιπόρος Κίλυ εμφανίζεται για να αναζητήσει γενετικούς δείκτες σε μια προσπάθεια να σταματήσει την ατέρμονη κατασκευή της πόλης και να σώσει την ανθρωπότητα.