نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
ایتان هانت که به اشتباه مورد اتهام خیانتکاری قرار گرفته است، باید به تنهایی تلاش کند و بدون کمک سازمان، جاسوس واقعی را پیدا کند.
«ایتان هانت» باید با یک دلال اسلحه خطرناک رو در رو شود، در حالی که مجبور است هویت‌اش را مخفی نگه دارد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
یک مامور به سیدنی فرستاده می شود تا ژن ویرایش شده یک بیماری بنام «چیمرا» را بیابد و نابود کند.